Polygeeninen perintö kuvaa niiden piirteiden perimistä, jotka määritetään useammalla kuin yhdellä geeni. Nämä geenit, nimeltään polygenes, tuottaa erityisiä piirteitä, kun ne ilmaistaan yhdessä. Polygeeninen perintö eroaa Mendelian perintökuviot, jossa piirteet määritetään yhdellä geenillä. Polygeenisillä ominaisuuksilla on monia mahdollisia fenotyyppejä (fyysiset ominaisuudet), jotka määritetään vuorovaikutuksella useiden välillä alleelit. Esimerkkejä polygeenisestä perinnöstä ihmisillä ovat piirteet, kuten ihonväri, silmien väri, hiusten väri, vartalon muoto, pituus ja paino.
Polygeenisessä perinnöllisyydessä ominaisuuteen vaikuttavilla geeneillä on sama vaikutus ja geenin alleeleilla on additiivinen vaikutus. Polygeenisillä ominaisuuksilla ei ole osoitusta täydellinen hallitsevuus samoin kuin Mendelian piirteet, mutta näyttely epätäydellinen määräävä asema. Sisään epätäydellinen määräävä asema, yksi alleeli ei hallitse kokonaan tai peitä toista. Fenotyyppi on seos fenotyypeistä, jotka ovat perineet vanhemmista alleeleista. Ympäristötekijät voivat myös vaikuttaa polygeenisiin piirteisiin.
Polygeenisillä ominaisuuksilla on yleensä a kellon muotoinen jakelu väestössä. Useimmat yksilöt perivät erilaisia hallitsevan ja taantuman yhdistelmiä alleelit. Nämä yksilöt kuuluvat käyrän keskialueelle, joka edustaa tietyn ominaisuuden keskimääräistä aluetta. Käyrän päissä olevat yksilöt edustavat niitä, jotka joko perivät kaikki hallitsevat alleelit (toisessa päässä) tai niitä, jotka perivät kaikki recessiiviset alleelit (vastakkaisessa päässä). Esimerkiksi korkeutta käytettäessä suurin osa väestöstä putoaa käyrän keskelle ja ovat keskimääräisiä. Käyrän toisessa päässä olevat ovat korkeita yksilöitä ja vastakkaisessa päässä olevat lyhyet yksilöt.
Silmien väri on esimerkki polygeenisestä perinnöstä. Tähän ominaisuuteen uskotaan vaikuttavan jopa 16 erilaista geeniä. Silmien värin periminen on monimutkaista. Se määritetään ruskean väripigmentin määrän perusteella melaniinia että henkilöllä on iiriksen etuosa. Mustissa ja tummanruskeissa silmissä on enemmän melaniinia kuin hassel- tai vihreissä silmissä. Sinisissä silmissä ei ole melaniinia iiriksessa. Kaksi silmien väriin vaikuttavista geeneistä on tunnistettu kromosomi 15 (OCA2 ja HERC2). Useat muut silmien väriä määrittävät geenit vaikuttavat myös ihon väriin ja hiusten väriin.
Ymmärtäminen, että silmien väri määräytyy useiden erilaisten geenien perusteella, tässä esimerkissä oletetaan, että sen määrittävät kaksi geeniä. Tässä tapauksessa risti kahden yksilön välillä, joilla on vaaleanruskeat silmät (BbGg) tuottaisi useita erilaisia fenotyyppimahdollisuuksia. Tässä esimerkissä mustan värin alleeli (B) on hallitseva recessive sininen väri (B) varten geeni 1. varten geeni 2, tumma sävy (G) on hallitseva ja tuottaa vihreää väriä. Kevyempi sävy (G) on resessiivinen ja tuottaa vaalean värin. Tämä risti johtaisi viiteen perusfenotyyppiin ja yhdeksään genotyypit.
Kaikkien hallitsevien alleelien saaminen johtaa mustien silmien väriin. Ainakin kahden hallitsevan alleelin läsnäolo tuottaa mustan tai ruskean värin. Yhden hallitsevan alleelin läsnäolo tuottaa vihreän värin, kun taas hallitsemattomat alleelit eivät johda sinisen silmän väriin.
Kuten silmien väri, ihonväri on esimerkki polygeenisestä perinnöstä. Tämä ominaisuus määritetään ainakin kolmella geenillä ja muiden geenien ajatellaan myös vaikuttavan iho väri. Ihon väri määräytyy tummanvärisen pigmentti-melaniinin määrän perusteella iholla. Geenillä, jotka määrittävät ihon värin, on molemmat kaksi alleelia ja niitä on erilaisilla kromosomit.
Jos tarkastellaan vain kolmea geeniä, joiden tiedetään vaikuttavan ihon väriin, jokaisella geenillä on yksi alleeli tummalle ihonvärille ja yksi vaalealle ihonvärille. Alleeli tummalle ihonvärille (D) on hallitseva alleelille vaalean ihonvärin suhteen (D). Ihon väri määräytyy ihmisellä olevien tummien alleelien määrän mukaan. Henkilöillä, jotka eivät peri tummia alleeleja, on ihonväri erittäin vaalea, kun taas henkilöillä, jotka perivät vain tummia alleeleja, on ihonväri erittäin tumma. Henkilöillä, jotka perivät erilaiset vaaleiden ja tummien alleelien yhdistelmät, on fenotyyppejä, joiden ihon sävyt vaihtelevat. Niillä, jotka perivät parillisen määrän tummia ja vaaleita alleeleja, on ihonväri keskipitkä. Mitä enemmän tummia alleeleja peritään, sitä tummempi ihonväri on.