Lukuisten valintojen joukosta nämä viisi tahraa ovat yleisimpiä, alkaen etidiumbromidilla, jota käytetään eniten. Tämän prosessin parissa työskennellessä on tärkeää tietää paitsi erojen tahrojen lisäksi myös luontaisista terveysriskeistä.
Etidiumbromidi on todennäköisesti tunnetuin väriaine, jota käytetään DNA: n visualisointiin. Sitä voidaan käyttää geeliseoksessa, elektroforeesipuskurissa tai värjätä geeli sen jälkeen, kun se on ajettu.
Väriaineen molekyylit tarttuvat DNA-juosteisiin ja fluoresoivat UV-valossa osoittaen tarkalleen missä nauhat ovat geelissä. Edusta huolimatta haittapuoli on, että etidiumbromidi on potentiaalinen syöpää aiheuttava aine, joten sitä on käsiteltävä erittäin huolellisesti.
SYBR Gold -väriainetta voidaan käyttää kaksois- tai yksijuosteisen DNA: n värjäämiseen tai RNA: n värjäämiseen. SYBR Gold tuli markkinoille yhtenä ensimmäisistä vaihtoehdoista etidiumbromidille, ja sen katsotaan olevan herkempi.
Koska sitoutumattoman molekyylin fluoresenssi on niin alhainen, värjäämistä ei vaadita. Lisenssin haltijat ovat myös (SYBR Gold -myynnin aloittamisen jälkeen) kehittäneet ja markkinoineet SYBR Safe- ja SYBR Green -tuotteita, jotka ovat turvallisempia vaihtoehtoja etidiumbromidille.
SYBR Green I- ja II -värit (jälleen kerran, joita markkinoi Molecular Probes) on optimoitu eri tarkoituksiin. Koska ne sitoutuvat DNA: han, niitä pidetään silti mahdollisina perimää vaurioittavina aineina, ja siksi niitä tulisi käsitellä varoen.
SYBR Green I on enemmän herkkä käytettäväksi kaksijuosteisen DNA: n kanssa, kun taas SYBR Green II on parhaat käytettäväksi yksijuosteisen DNA: n tai RNA: n kanssa. Kuten suosittu etidiumbromidimaali, nämä erittäin herkät tahrat fluoresoivat UV-valossa.
Valmistaja suosittelee sekä SYBR Green I: n että II: n käyttöä "254 nm: n epi-valaistuksen Polaroid 667 mustan ja valkoinen filmi ja SYBR Green -värinen värjäysvalosuodatin "100 pg RNA: n tai yksisäikeisen DNA: n havaitsemiseksi bändi.
SYBR Safe suunniteltiin turvallisemmaksi vaihtoehdoksi etidiumbromidille ja muille SYBR-tahroille. Sitä ei pidetä vaarallisena jätteenä, ja se voidaan yleensä hävittää tavallisten viemärijärjestelmien kautta (ts. Viemäriin), koska toksisuuskokeet osoittavat, ettei akuuttia toksisuutta ole.
Testaus myös ilmaisee Syyrian hamsteri-alkion (SHE) soluissa, ihmisen lymfosyyteissä, hiiren lymfoomasoluissa on vähän tai ei ollenkaan genotoksisuutta tai jotka on havaittu AMES-testissä. Värjäystä voidaan käyttää sinisen valon transilluminanssin kanssa, mikä aiheuttaa vähemmän vahinkoa visualisoitavalle DNA: lle ja tarjoaa paremman tehokkuuden myöhempään kloonaukseen.
Se on myös hyvä valinta, jos käytät matalan sulamispisteen geelejä DNA: n talteenottoon. Se on erittäin vakaa korkeissa lämpötiloissa ja sillä on hyvin matala fluoresenssi yksinään, mutta se on erittäin fluoresoiva, kun se on sitoutunut DNA: han. Eva Greenin on myös osoitettu olevan erittäin vähäinen tai ei lainkaan sytotoksisuutta tai mutageenisuuden.