Vuoden 1800 vaaleissa ei ollut "virallisia" varapuheenjohtajaehdokkaita. Yhdysvaltojen perustuslain mukaan äänestäjät tekivät kaksi valintaa presidentiksi ja siitä, joka sai eniten ääniä, tuli presidentti. Toiseksi eniten ääniä saaneesta henkilöstä tuli varapuheenjohtaja. Tämä muuttuisi 12. tarkistuksen myötä.
Huolimatta siitä, että virallisia varapuheenjohtajaehdokkaita ei ollut, Thomas Jefferson juoksi Aaron Burrin kanssa juoksevana kaverinaan. Heidän "lippu" sai eniten ääniä ja päätös siitä, kuka tulee presidentiksi, annettiin äänestäjille. John Adams oli pariksi joko Pinckney tai Jay. Kansallisarkiston mukaan kansanäänestysten määrää ei kuitenkaan pidetty virallisesti.
Thomas Jeffersonin ja Aaron Burrin välillä oli vaalien äänestys tasapeliä, 73 ääntä. Tämän vuoksi edustajainhuone sai päättää kuka tulee presidentiksi ja kuka varapuheenjohtajaksi. Koska Alexander Hamilton, Thomas Jefferson valittiin Aaron Burrin yli 35 äänestyskierroksen jälkeen. Hamiltonin toiminta olisi yksi tekijä, joka johti hänen kuolemaansa kaksintaistelussa Burrin kanssa vuonna 1804.