evoluutio on lajien muutos ajan myötä. Kuitenkin tavalla ekosysteemit työskennellessään maan päällä, monilla lajeilla on läheiset ja tärkeät suhteet toisiinsa niiden selviytymisen varmistamiseksi. Nämä symbioottiset suhteet, kuten saalistaja-saalisuhteet, pitävät biosfäärin käynnissä oikein ja estävät lajeja sukupuuttoon. Tämä tarkoittaa, että yhden lajin kehittyessä se vaikuttaa jollain tavalla muihin lajeihin. Tämä lajien koevoluutio on kuin evoluutioaseiden kilpailu joka vaatii, että myös muiden suhteiden lajien on kehityttävä selviytyäkseen.
Punaisen kuningattaren hypoteesi evoluutiossa liittyy lajien koevoluutioon. Siinä todetaan, että lajien on jatkuvasti mukauduttava ja kehittyvä siirtääkseen geenejä seuraavalle sukupolvelle ja myös pidättäytymästä sukupuuttoon sukupuuttoon, kun muut simbiottisessa suhteessa olevat lajit kehittyvät. Tämä hypoteesin osa, jonka Leigh Van Valen ehdotti ensimmäisen kerran vuonna 1973, on erityisen tärkeä petoeläin- tai loissuhteessa.
Ruoan lähteet ovat kiistatta yksi tärkeimmistä suhteista lajin selviytymisen suhteen. Esimerkiksi, jos saalistajalaji muuttuu nopeammaksi tietyn ajan kuluessa, petoeläimen on mukauduttava ja kehittyvä jatkaakseen saaliin käyttämistä luotettavana ravintolähteenä. Muutoin nyt nopeampi saalis pakenee, ja saalistaja menettää ravintolähteen ja kuolee mahdollisesti sukupuuttoon. Kuitenkin, jos petoeläin muuttuu itsestään nopeammaksi tai kehittyy jollain tavoin muuttuen salaisemmaksi tai paremmaksi metsästäjäksi, suhde voi jatkua, ja saalistajat selviävät. Punaisen kuningattaren hypoteesin mukaan tämä lajien edestakaisin koevoluutio on jatkuva muutos pienempiä sopeutumisia kertyessä pitkään.
Punaisen kuningatar-hypoteesin toinen osa liittyy seksuaaliseen valintaan. Se liittyy hypoteesin ensimmäiseen osaan mekanismina nopeuttamaan evoluutiota toivottujen ominaisuuksien kanssa. Lajit, jotka kykenevät valitsemaan parikaverin eikä käydä läpi suvuton lisääntyminen tai jos sinulla ei ole kykyä valita kumppania, se pystyy tunnistamaan kumppanissa ominaisuudet, jotka ovat toivottavia, ja tuottavat ympäristölle sopivampia jälkeläisiä. Toivottavasti tämä toivottujen ominaisuuksien sekoittuminen johtaa siihen, että jälkeläiset valitaan läpi luonnonvalinta ja laji jatkuu. Tämä on erityisen hyödyllinen mekanismi yhdelle lajille symbioottisessa suhteessa, jos muut lajit eivät voi käydä läpi seksuaalista valintaa.
Esimerkki tämän tyyppisestä vuorovaikutuksesta olisi isäntä ja loinen -suhde. Henkilöt, jotka haluavat pariutua alueella, jolla on paljon loissuhteita, voivat olla etsimässä parikaveria, joka näyttää olevan immuuni loiselle. Koska suurin osa loisista on asexuaalisia tai ei pysty läpikäymään seksuaalista valintaa, lajeilla, jotka voivat valita immuunikaverinsa, on evoluutioetu. Tavoitteena olisi tuottaa jälkeläisiä, joilla on ominaisuus, joka tekee heistä immuuni loiselle. Tämä tekisi jälkeläisistä entistä sopivampia ympäristölle ja todennäköisemmin elämään tarpeeksi kauan lisääntymään ja siirtää geenejä.
Tämä hypoteesi ei tarkoita, että loinen tässä esimerkissä ei kykenisi toimimaan yhdessä. Sopeutumisten keräämiseen on enemmän tapoja kuin vain kumppanien seksuaalinen valinta. DNA-mutaatiot voi myös muuttaa muutosta geeniallas vain sattumalta. Kaikilla organismeilla lisääntymistavasta riippumatta voi tapahtua mutaatioita milloin tahansa. Tämän ansiosta kaikki lajit, jopa loiset, voivat muuttua yhdessä muiden lajien kanssa myös niiden symbioottisissa suhteissa.