Siitä asti kun Charles darwin ensin keksi Evolutionin teoria ja hänen ajatuksensa luonnonvalinta, evoluutio on ollut a kiistanalainen aihe useille ihmisille. Vaikka teorian kannattajat viittaavat näennäisesti loputtomaan vuorelle todisteita evoluutiosta, kriitikot kiistävät edelleen, että evoluutio on todella tosiasia. Yksi yleisimmistä väitteistä evoluutiota vastaan on, että ohjelmassa on paljon aukkoja tai "puuttuvia linkkejä" fossiilitiedot.
Nämä puuttuvat linkit olisivat mitä tutkijat pitävät siirtymäkauden fossiileina. Siirtymäkauden fossiilit ovat jäännöksiä organismista, joka tuli lajin tunnetun version ja nykyisen lajin väliin. Väitetään, että siirtymäkauden fossiilit olisivat todisteita evoluutiosta, koska se osoittaisi lajin välimuotoja ja ne muuttuivat ja kerääntyivät sopeutumisiin hitaasti.
Valitettavasti, koska fossiilitiedot ovat puutteellisia, on olemassa monia puuttuvia siirtymäkauden fossiileja, jotka voisivat hiljentää evoluution kriitikot. Ilman näitä todisteita teorian vastustajat väittävät, että näitä siirtymävaiheita ei saa olla olemassa ja että evoluutio ei ole oikea. On kuitenkin muita tapoja selittää joidenkin siirtymäkauden fossiilien puuttuminen.
Yksi selitys löytyy fossiilien valmistustavasta. On hyvin harvinaista, että kuolleesta organismista tulee fossiili. Ensinnäkin, organismin on kuolla oikealla alueella. Tällä alueella on oltava jonkinlainen vesi, jossa on sedimenttejä, kuten mutaa tai savea, tai organismi on säilytettävä tervana, meripihkaisena tai jäässä. Silloinkin, kun se on oikeassa paikassa, ei taata, että se kivenee. Intensiivistä lämpöä ja painetta tarvitaan hyvin pitkien ajanjaksojen ajan organismin koteloimiseksi sedimenttikallioon, josta tulee lopulta fossiili. Lisäksi vain kovat kehon osat, kuten luut ja hampaat, auttavat selviytymään tästä prosessista fossiiliksi.
Vaikka siirtymäkauden organismin fossiili tapahtuisi, se ei välttämättä selviä maapallon geologisista muutoksista ajan myötä. Kiviä muutetaan, sulataan ja muutetaan jatkuvasti erityyppisiksi kiveiksi kivisyklissä. Tähän sisältyvät kaikki sedimenttikivet, joissa voi olla fossiileja kerralla.
Lisäksi kivikerrokset lasketaan toistensa päälle. Superpositiolaki väittää, että vanhemmat kivikerrokset ovat kasan pohjalla, kun taas uudempi tai nuoremmat sedimenttikivikerrokset, jotka ulkoiset voimat, kuten tuuli ja sade, laskevat, ovat lähempänä top. Kun otetaan huomioon jotkut siirtymäkauden fossiileista, jotka ovat vielä löydetty, miljoonia vuosia vanhoja, voi olla, että niitä on vielä löydetty. Siirtymäkauden fossiilit voisivat olla edelleen siellä, mutta tutkijat eivät vain ole kaivanneet tarpeeksi syvälle päästäkseen niihin. Nämä siirtymäkauden fossiilit voivat löytyä myös alueelta, jota ei ole vielä tutkittu ja kaivettu. On edelleen mahdollista, että joku löytää vielä nämä "puuttuvat linkit", kun kentän paleontologit ja arkeologit tutkivat enemmän maapallosta.
Toinen mahdollinen selitys siirtymäkauden fossiilien puuttumiselle olisi yksi oletuksista, kuinka nopeasti evoluutio tapahtuu. Samalla kun Darwin vakuutti näiden mukautumisten ja mutaatioiden tapahtuneen ja rakentuvan hitaasti prosessissa nimeltään gradualism, muut tutkijat uskovat ajatukseen suurista muutoksista, jotka tapahtuivat yhtäkkiä yhtäkkiä, tai katkoviivojen tasapainosta. Jos oikein evoluutiokuvio on väliaikainen tasapaino, silloin ei olisi siirtymäkauden organismeja, jotka jättäisivät siirtymäkauden fossiileja. Siksi virheellistä "puuttuvaa linkkiä" ei olisi olemassa ja tämä evoluutiovastainen argumentti ei olisi enää pätevä.