Monien ensimmäinen ajatus sisällissodasta ajatellen on massiiviset armeijat, jotka romahtavat paikoissa kuten Shiloh tai Gettysburg. Maalla käydyn taistelun lisäksi aalloilla tapahtui yhtä tärkeä taistelu. Unionin sota-alukset ympäröivät eteläistä rannikkoa, tukahduttaen taloudellisesti valaliiton ja jättäen armeijansa tarpeettomasti tarvittavista ammuksista ja tarvikkeista. Tämän torjumiseksi pieni konfederaation laivasto päästi kauppamarkkinoiden pariin tavoitteena vahingoittaa pohjoista kauppaa ja vetää aluksia rannikolta.
Molemmin puolin kehitettiin uutta tekniikkaa, mukaan lukien ensimmäiset rautakalat ja sukellusveneet. Sisällissoda oli todella keskeinen hetki merinisodassa, koska se merkitsi puisten purjelaivojen loppumista, vahvisti höyryvoiman käytön keinona ja johti panssaroituihin, raudasta verhottuihin sota-aluksiin. Tämä galleria antaa yleiskuvan joistakin sodan aikana käytetyistä aluksista.
Käynnistettiin vuonna 1842, Cumberland rakennettiin alun perin 50-aseiseksi fregattiksi. Vuonna 1855 laiva "koettiin" alas sodan rinteeseen, jotta se voisi kuljettaa laivaston uusimpia kuori-aseita. 8. maaliskuuta 1862,
Cumberland upotettiin Hampton Roads -taisteluun sen jälkeen kun uusi liittovaltion raudanluja iski sen Virginia(Merrimack). Taistelun aikana Cumberlandmiehistö seurasi kauhua, kun niiden kuoret pomppivat panssaroidun laivan sivuilta, kun taas liittovaltion repiä omien läpi. Uppoaminen Cumberland mennessä Virginia merkitsi kaikkien purjeiden, puisten sota-alusten vuosisatojen vanhan ajan loppua.Tilaa tammikuussa 1862, James Eads & Co., USS Kairo oli tyypillistä Yhdysvaltojen merivoimien käyttämille raudasta päällystetyille veneille länsijoella. Kuljettaa mukana toimitetulla melapyörällä (huomioi pinon kaareva kypärä), USS Kairo hallussaan matala syväys, jonka avulla se pystyi liikkumaan tehokkaasti Mississippi-joen järjestelmän muuttuvissa olosuhteissa. Osallistuttuaan hyökkäyksiin Fort Pillowiin ja avustaneen Konfederaation aseveneiden tappio Memphiksen ulkopuolella, Kairo osallistui Vicksburg-kampanja. 12. joulukuuta 1862 alus iski miinan lähellä Haines Bluff, MS ja upposi kahdentoista minuutin sisällä. KairoJäännökset nostettiin vuonna 1964, ja ne ovat tällä hetkellä esillä Vicksburgin kansallisessa sotilaspuistossa.
Rakennettu Liverpoolissa, Englannissa nimellä Oreto, CSS Florida asetettiin liittovaltion palvelukseen 17. elokuuta 1863, luutnantti John N. Maffitt komennossa. Vuoden 1863 kahdeksan ensimmäisen kuukauden aikana Florida terrorisoi unionin merenkulkua Atlantilla ja Karibialla ja sai 22 palkintoa. Florida sitten eteni Brestiin, Ranskaan, missä se tehtiin pitkään. Ratsastaja palasi merelle helmikuussa 1864, luutnantti Charles Morris komentessaan. Raider valtasi vielä 11 unionin alusta, ennen kuin se saavutti Bahiaan, Brasiliaan. Bahiassa ollessaan Florida USS hyökkäsi, siepattiin ja hinataan merelle Wachusett kun taas Morris ja suurin osa miehistöstä olivat maassa. Vaikka kiinniotto tapahtui neutraalissa satamassa ja mielenosoituksia tehtiin, mitään vastaista ei toteutettu Wachusettkapteeni, komentaja Napoleon Collins. Tuo marraskuu, Florida upposi lähellä Hampton Roads, VA, kun liikenne törmäsi vahingossa. Raider valtasi 37 alusta, vain toiseksi CSS Alabama.
Sisällissodassa syntyi erilaisia malleja vedenalaisiin sota-aluksiin. Luonut Horace L. Hunley, James McClintock ja Baxter Wilson sukellusveneH.L. Hunley rakensi yksityisesti Parks & Lyonsin yritys, Mobile, AL. Noin 40 metriä pitkä, H.L. Hunley purjehti kahdeksan miehistön kanssa ja sai moottorin käsikäyttöisellä potkurilla. Pian testauksen suorittamisen jälkeen H.L. Hunley vietiin Charlestoniin, SC käytettäväksi unionin saartoa vastaan. Charlestonin satamassa suoritettujen kokeilujen aikana sukellusvene upposi kahdesti tappaen viisi miehistönsä ensimmäistä kertaa ja kahdeksan, mukaan lukien Horace Hunley, toisen. Yönä 17. helmikuuta 1864, luutnantti George Dixon purjehti H.L. Hunley ulos Charlestonista hyökätäkseen USS: ään Housatonic. Sukellus heidän lähestyessä laivaa, H.L. Hunley onnistuneesti kiinni ja räjäytti sukellusveneen pipeditorpedon (räjähdyslasku pitkän keihän lopussa). Räjähdys upposi Housatonic, joten siitä tuli ensimmäinen sukellusveneen uhri. Menestyksestään huolimatta H.L. Hunley hävisi merellä yrittäessään palata satamaan. Sukellusveneen hylky sijaitsi vuonna 1995 ja nostettiin viisi vuotta myöhemmin. Sitä hoidetaan parhaillaan Charlestonissa.
Käyttöönotto tammikuussa 1862, USS miami oli tyypillistä "kaksois-ender" -aseille, joita Yhdysvaltain merivoimat käyttivät etelärannikon saartoon. Tyyppi ansaitsi nimensä rungon muodon takia, mikä salli heidän matkustaa yhtä suurella nopeudella eteen- tai taaksepäin. Tämä ominaisuus lisäsi heidän ohjattavuuttaan, mikä yhdessä niiden matalan syväyksen kanssa teki niistä ihanteelliset toimimaan rannikkoalueella Konfederaation äänien ja matalien vesien keskellä. miami vietti suurimman osan sodasta, joka oli sijoitettu Pohjois-Carolinan ääniin, ja näki toimia konfederaation rautakaaria vastaan Albemarle huhtikuussa 1864.
Menestyksellä USS Monitori, Yhdysvaltain merivoimat yrittivät tuottaa enemmän samankaltaisia aluksia. Parantaa alkuperäiseen, Passiac-luokassa oli parannettuja ominaisuuksia, kuten panssaroitu pilottitalo. Käyttöönotto helmikuussa 1863, USS Nantucket, lähetettiin Charlestoniin, missä se osallistui hyökkäyksiin satamalinnakkeita vastaan. Suunnittelun parannuksista huolimatta Nantucket ja se toinen Passiac-luokanäyttelijät olivat huonoja meriveneitä ja alttiita samantyyppiselle suihkussa, joka upposi USS: ssä Monitori. Seurauksena merivoimat rajoittivat toimintansa rannikkovesille.
Vaikka rakentaminen aloitettiin vuonna 1862, CSS Tennessee valmistui vasta vuonna 1864, materiaalien puutteen vuoksi. Tennessee, kuten useimmissa liittovaltion rautakalajeissa, oli suuri, panssaroitu kotelo aseilleen, jotka tunnetaan kasemaattina. Tätä suunnitteluominaisuutta käytettiin ensimmäistä kertaa CSS Virginia vuonna 1862. Perustuu mobiiliin, Tennessee kiinni amiraali David G. Farragutin unionin laivasto Mobile Bayn taistelu 5. elokuuta 1864. Kohtaavat ylivoimaiset kertoimet, Tennessee taistelivat rohkeasti, kunnes hänet lyötiin alistumiseen ja pakotettiin antautumaan.
Iroquois-sarjaruuvi, USS Wachusett oli tyypillinen aluksille, joita unionin merivoimat käyttivät offshore-estotoimiin ja salaliittojen kauppiasmatkojen sieppaamiseen. Tilattu maaliskuussa 1862, Wachusett ensin palvellut Pohjois - Atlantin ryhmän kanssa, ennen kuin ne siirrettiin erityinen "Flying Squadron". Tämän organisaation tehtävänä oli jäljittää ja upottaa liittolainen raiders. Helmikuussa 1864 laiva sai tilauksen Brasiliasta, Brasiliasta, käskyillä suojella amerikkalaista kauppaa alueella. Tuo lokakuu, Wachusett kohtasi Raider CSS: n Florida Bahian satamassa. Vaikka teknisesti neutraaleissa vesissä, WachusettKapteeni, komentaja Napoleon Collins, määräsi hyökkäyksen. tarttuva Florida yllätyksenä, miehet alkaen Wachusett valtasi nopeasti aluksen. Lyhyen korjauksen jälkeen Wachusett sai tilauksia purjehtia Kaukoitään auttamaan CSS-metsästyksessä Shenandoah. Matkalla oli, kun uutinen saapui, että sota oli päättynyt.
Yksi sisällissodan tunnetuimmista aluksista, USS Hartford tarjoillaan Amiraali David G. Farragutlippulaiva konfliktin ajaksi. Vuonna 1862 Hartford johti unionin laivastoa New Orleansia vartioivien linnoitusten ohi ja auttoi kaupungin vangitseminen. Seuraavalle vuodelle Farragut koordinoi unionin joukkoja avustaakseen Vicksburgin liittovaltion linnoitusten sieppaamista Port Hudson. Vuonna 1864 Farragut muutti keskittymisensä Mobile-sataman alistamiseen. 5. elokuuta 1864 Farragut ja Hartford osallistui Mobile Bayn taistelu, voitti valtavan voiton ja avasi kaupungin valtaamaan unionin joukot. Hartford pysyi laivastossa vuoteen 1956 asti, jolloin se purettiin laiturissa uppoamisen jälkeen.