Tieteellisiä tosiasioita on niin paljon, että tutkijat ja jopa suuri yleisö pitävät itsestään selvänä nykymaailmassa. Monista näistä tieteistä, jotka nyt mielestämme on järkeviä, oli kuitenkin vielä keskusteltava 1800-luvulla Charles darwin ja Alfred Russel Wallace olivat ensin koonnut evoluutioteorian läpi luonnonvalinta. Vaikka oli melko vähän näyttöä siitä, että Darwin tiesi siitä, kun hän muotoili teoriaansa, me tiedämme monia asioita, joita Darwin ei tiennyt.
Genetiikkatai tutkimusta siitä, miten ominaisuudet siirtyvät vanhemmilta jälkeläisiin, ei ollut vielä valmistettu, kun Darwin kirjoitti kirjansa Lajien alkuperästä. Useimmat tuon ajanjakson tutkijat olivat yhtä mieltä siitä, että jälkeläiset todellakin saivat fyysiset ominaisuutensa vanhemmiltaan, mutta miten ja missä suhteissa se oli epäselvä. Tämä oli yksi tärkeimmistä argumenteista, jotka Darwinin vastustajat olivat tuolloin vastustaneet hänen teoriaansa. Darwin ei pystynyt selittämään varhaisen anti-evoluutiojoukon tyytyväisyyttä, kuinka tämä perintö tapahtui.
Se tapahtui vasta 1800-luvun lopulla ja 1900-luvun alkupuolella Gregor Mendel teki riistanmuuttavaa työtä hernekasveillaan ja tuli tunnetuksi ”genetiikan isänä”. Vaikka hänen teoksensa oli erittäin tervettä, hänellä oli matemaattisen tuen ja oli oikein, että jonkin aikaa kesti, kun kukaan tunnisti Mendelin havaitsemisen merkityksen genetiikka.
Koska genetiikan kenttä oli olemassa vasta 1900-luvulla, Darwinin ajan tutkijat eivät etsineet molekyyliä, joka kuljettaa geneettistä tietoa sukupolvelta toiselle. Kun genetiikan kurinalaisuus tuli laajemmaksi, monet ihmiset kilpailivat löytääkseen juuri sen molekyylin, joka oli tämän tiedon kantaja. Lopuksi osoitettiin, että DNA-, suhteellisen yksinkertainen molekyyli, jolla on vain neljä erilaista rakennuspalikkaa, on todellakin kaiken geneettisen tiedon kantaja koko maapallon elämää varten.
Darwin ei tiennyt, että DNA tulee tulla tärkeä osa hänen evoluutioteoriansa perusteella. Itse asiassa evoluution alaluokka kutsuttiin mikroevoluutio perustuu täysin DNA: han ja mekanismiin, jolla geneettinen tieto välitetään vanhemmilta jälkeläisille. DNA: n, sen muodon ja rakennuspalikoiden löytäminen on mahdollistanut näiden ajan myötä kertyvien muutosten jäljittämisen evoluution tehokkaaksi ohjaamiseksi.
Toinen palapelin pala, joka antaa todisteita Moderni synteesi evoluutioteoriasta on kehitysbiologian haara, nimeltään Evo-Devo. Darwin ei ollut tietoinen samanlaisuuksista eri organismien ryhmien välillä sen suhteen, miten ne kehittyvät hedelmöityksestä aikuisuuteen saakka. Tämä löytö ei tullut ilmi vasta kauan sen jälkeen, kun monia tekniikan kehityksiä oli saatavana, kuten suuritehoiset mikroskoopit, ja in vitro -testit ja laboratoriomenetelmät täydellistettiin.
Tutkijat voivat nykyään tutkia ja analysoida kuinka yksisoluinen tsygootti muuttuu DNA: n ja ympäristön osoitusten perusteella. Hän osaa seurata eri lajien samankaltaisuuksia ja eroja ja jäljittää ne kunkin geneettiseen koodiin munasolut ja siittiöt. Monet kehityksen virstanpylväät ovat samat hyvin eri lajien välillä ja viittaavat ajatukseen, että elävälle asialle on olemassa yhteinen esi-isä jossain elämäpuussa.
Vaikka Charles Darwinilla oli pääsy melkoiseen luetteloon fossiileja jotka oli löydetty 1800-luvulla, hänen kuolemansa jälkeen on ollut niin paljon fossiilisia löytöjä, jotka toimivat tärkeänä todisteena evoluutioteorian tukemiseksi. Monet näistä "uudemmista" fossiileista ovat ihmisen esi-isät jotka auttavat tukemaan Darwinin ajatusta ihmisten ”laskeutumisesta modifioinnin kautta”. Vaikka suurin osa hänen todisteistaan oli epäsuoraa, kun hän hypoteesiin ajatuksen, että ihmiset olivat kädelliset ja liittyivät apinoihin, monien fossiilien on sittemmin havaittu täyttävän ihmisen evoluution aihiot.
Vaikka ajatus ihmisen evoluutiosta on edelleen hyvin paljon, a kiistanalainen aihe, yhä enemmän todisteita löytyy, jotka auttavat vahvistamaan ja tarkistamaan Darwinin alkuperäisiä ideoita. Tämä evoluution osa pysyy todennäköisesti kiistanalaisina, kunnes joko kaikki välituotteet ihmisen evoluution fossiileja on löydetty tai uskonto ja ihmisten uskonnolliset vakaumukset lakkaavat olla olemassa. Koska näitä ei todennäköisesti tapahdu, ihmisen evoluutioon liittyy edelleen epävarmuutta.
Toinen todiste, jota meillä on nyt auttaa tukemaan evoluutioteoriaa, on se, kuinka bakteerit kykenevät sopeutumaan nopeasti resistentteiksi antibiooteille tai muille lääkkeille. Vaikka useiden kulttuurien lääkärit ja lääkärit olivat käyttäneet hometta bakteerien estäjinä, ensimmäinen laajalle levinnyt ja käyttänyt antibiootteja, kuten penisilliini, tapahtui vasta Darwinin kuoleman jälkeen. Itse asiassa antibioottien määräämisestä bakteeri-infektioita varten tuli normaaliksi vasta 1950-luvun puolivälissä.
Vasta vuosien kuluttua siitä, kun antibioottien laaja käyttö tuli yleiseksi, tutkijat ymmärsivät, että jatkuva altistuminen antibiooteille voi ajaa bakteerien kehittyä ja muuttuvat resistentteiksi antibioottien aiheuttamalle inhibitiossa. Tämä on itse asiassa erittäin selkeä esimerkki luonnollisesta valinnasta toiminnassa. Antibiootit tappavat kaikki bakteerit, jotka eivät ole sille resistenttejä, mutta bakteerit, jotka ovat resistenttejä antibiooteille, selviävät ja menestyvät. Lopulta vain bakteerikannot, jotka ovat resistenttejä antibiootille, toimivat, tai "luonnonvalinta"bakteereja on tapahtunut.
On totta, että Charles Darwinilla oli rajoitettu määrä todisteita, jotka voivat kuulua fylogenetiikka-luokkaan, mutta paljon on muuttunut sen jälkeen, kun hän ehdotti evoluutioteoriaa. Carolus Linnaeus hänellä oli nimitys- ja luokittelujärjestelmä käytössä, kun Darwin tutki tietojaan, mikä auttoi häntä muotoilemaan ideoitaan.
Havaintojensa jälkeen fylogeneettinen järjestelmä on kuitenkin muuttunut dramaattisesti. Aluksi lajit sijoitettiin fylogeneettiseen elämäpuuhun samanlaisten fysikaalisten ominaisuuksien perusteella. Monet näistä luokituksista on muutettu biokemiallisten testien löytämisen ja DNA-sekvensoinnin perusteella. Lajien uudelleenjärjestely on vaikuttanut ja vahvistanut evoluutioteoriaa tunnistamalla aikaisemmin unohdettu lajien väliset suhteet ja kun nämä lajit haarautuivat yhteisestä esivanhemmat.