Arkeologisten löytöjen perusteella on oletettu, että hominid toimintaa Japanissa voi esiintyä jo 200 000: lla EKr. kun saaret yhdistettiin Aasian mantereeseen. Vaikka jotkut tutkijat epäilevät tätä varhaista asumispäivää, useimmat ovat yhtä mieltä siitä, että noin 40 000 B.C. jäätiköt olivat yhdistäneet saaret mantereen kanssa.
Japanin maan asuttaminen
Arkeologisten todisteiden perusteella he ovat myös yhtä mieltä siitä, että 35 000–30 000 B.C. Homo sapiens oli muuttanut saarille itä- ja kaakkois-Aasiasta ja hänellä oli vakiintuneet metsästys-, keräys- ja kivityökalujen valmistuksen mallit. Tämän ajanjakson kivityökaluja, asumispaikkoja ja ihmisen fossiileja on löydetty kaikilta Japanin saarilta.
Jomon-kausi
Vakaammat elintavat tuottivat noin 10 000 B.C. että neoliittinen tai kuten jotkut tutkijat väittävät, Mesolithic kulttuuri. Nykyajan Japanin Ainu-alkuperäiskansojen mahdollisesti kaukaiset esi-isät, heterogeenisen Jomon-kulttuurin jäsenet (ca. 10 000-300 B.C.) jäljellä selkein arkeologinen ennätys. Vuoteen 3000 B.C mennessä Jomonin ihmiset tekivät savihahmoja ja astioita, jotka oli koristeltu kuvioilla tekemällä vaikutelmaa märkä savi punotulla tai punostamattomalla narulla ja sauvat (Jomon tarkoittaa 'punotun narun malleja') kasvaa hienostuneisuutta. Nämä ihmiset käyttivät myös hakettuja kivityökaluja, ansoja ja jousia ja olivat metsästäjiä, keräilijöitä ja taitavia rannikko- ja syvänmeren kalastajia. He harjoittivat maatalouden alkeellista muotoa ja asuivat luolissa ja myöhemmin joko väliaikaisten ryhmissä matalissa kuoppiasunnoissa tai maanpäällisissä taloissa jättäen rikkaat keittiökeskukset nykyaikaiseen antropologiseen tutkimukseen.
Jomonin loppuaikana arkeologisten tutkimusten mukaan oli tapahtunut dramaattinen muutos. Alkuaineiden viljely oli kehittynyt hienostuneeksi riisi-paddy-viljelyyn ja hallituksen valvontaan. Myös monet muut japanilaisen kulttuurin elementit voivat olla peräisin tästä ajanjaksosta ja heijastavat sekoittunutta muuttoa Pohjois-Aasian mantereelta ja eteläiseltä Tyynenmeren alueilta. Näitä elementtejä ovat shinto-mytologia, avioliiton tavat, arkkitehtoniset tyylit ja teknologinen kehitys, kuten lakkatuotteet, tekstiilit, metallintyöstö ja lasinvalmistus.
Yayoin kausi
Seuraava kulttuurikausi, Yayoi (nimetty Tokion osan perusteella, jossa suoritettiin arkeologisia tutkimuksia) paljasti sen jäljet) kukoisti välillä noin 300 B.C. ja A.D. 250 Kyushun eteläosista pohjoiseen Honshun. Aikaisin näistä ihmisistä, joiden uskotaan muuttaneen Koreasta Pohjois-Kyushun ja sekoittuneen Jomonin kanssa, käytettiin myös hakettuja kivityökaluja. Vaikka Yayoiden keramiikka oli teknisesti edistyneempiä, se koristeltiin yksinkertaisemmin kuin Jomon-esineet.
Yayoi valmisti pronssisia seremoniallisia toimimattomia kelloja, peilejä ja aseita sekä ensimmäisen vuosisadan mennessä rautaa maatalousvälineitä ja aseita. Kun väestö kasvoi ja yhteiskunta muuttui monimutkaisemmaksi, he kutoivat kangasta, asuivat pysyvissä viljelykylissä, rakensivat puu- ja kivirakennukset, varallisuuden lisääntyminen maanomistuksen ja viljan varastoinnin kautta ja kehittynyt selkeä sosiaalinen luokat. Heidän kastellun, märän riisin kulttuuri oli samanlainen kuin Keski- ja Etelä-Kiinassa, mikä vaatii raskaita panoksia Ihmistyövoima, joka johti erittäin istuvan maatalouden yhteiskunnan kehittymiseen ja lopulta kasvuun.
Toisin kuin Kiina, jonka piti toteuttaa suuria julkisia töitä ja vedenhallintaprojekteja johtaen erittäin keskitettyyn hallitukseen, Japanissa oli runsaasti vettä. Sitten Japanissa paikallinen poliittinen ja sosiaalinen kehitys oli suhteellisen tärkeämpää kuin keskushallinnon ja osittaisen yhteiskunnan toiminta.
Varhaisimmat kirjalliset tiedot Japanista ovat peräisin kiinalaisista lähteistä tältä ajalta. Wa (varhaisen kiinalaisen nimen japaninkielinen ääntäminen Japanille) mainittiin ensimmäisen kerran luvussa 57. Varhaiset kiinalaiset historioitsijat kuvailivat Wa: ta satojen hajallaan olevien heimoyhteisöjen maana, ei Yhtenäinen maa, jolla on 700 vuoden perinteet, sellaisena kuin se on määritelty Nihongissa, joka asettaa Japanin perustan 660 B.C.
Kolmannen vuosisadan kiinalaiset lähteet kertoivat, että wa-ihmiset asuivat raa'ista vihanneksista, riisistä ja kalasta, jota tarjoillaan bambu- ja puualustoilla, heillä oli vasaali-isäntäsuhteita, kerätty veroja, maakuntien viljelijät ja markkinat, taputtivat käsiään jumalanpalveluksessa (jotain tehtiin vielä shinto-pyhäkköissä), kävivät väkivaltaisia seuraamustaisteluita, rakensivat muokkaushautoja ja havaitsivat suruaika. Yamatai-nimisen varhaisen poliittisen liiton naispuolinen hallitsija Himiko kukoisti kolmannen vuosisadan aikana. Kun Himiko hallitsi henkisenä johtajana, hänen nuorempi veljensä hoiti valtion asioita, joihin kuuluivat diplomaattisuhteet Kiinan Wei-dynastian tuomioistuimen kanssa (A.D. 220-65).