Vuosien 1206 ja 1368 välillä epäselvä ryhmä Keski-Aasian maat Paimentolaiset räjähtivat steppien yli ja perustivat historian maailman suurimman vierekkäisen imperiumin - Mongol-imperiumin. Heidän "valtameren johtajan" johtama Tšingis-kaani (Chinggus Khan), mongolit hallitsivat noin 24 000 000 neliökilometriä (9 300 000 neliökilometriä) Euraasiaa tukevien pienten hevostensa takaa.
Mongolien imperiumi oli levinnyt kotimaisissa levottomuuksissa ja sisällissodassa huolimatta siitä, että hallitsija pysyi läheisessä yhteydessä alkuperäisen Khanin verivirtaan. Silti Imperiumi onnistui jatkamaan laajentumistaan lähes 160 vuotta ennen sen laskua ylläpitäen hallinto-oikeutta vuonna Mongolia 1600-luvun loppuun asti.
Ennen numeroa 1206 KURULTAI ("heimojen neuvosto"), jota nykyään kutsutaan Mongoliaksi, nimitti hänet heidän yleiseksi johtajakseen, paikalliseksi hallitsijaksi Temujiniksi - myöhemmin tunnetuksi Tšingis-khaan - vain halusi varmistaa oman pienen klaanin selviytymisen vaarallisissa taisteluissa, jotka ominaistivat Mongolian tasangot tässä aikana.
Hänen karismansa ja laki- ja organisaatiouudistuksensa antoivat kuitenkin Tšingis-khaanille välineet valtakunnan laajentamiseksi eksponentiaalisesti. Pian hän siirtyi naapurimaista Jurchenia vastaan Tangut pohjoisen kansat Kiina mutta näytti, ettei sillä ollut mitään aikomusta valloittaa maailmaa ennen vuotta 1218, jolloin Khwarezmin Shah takavarikoi Mongol-valtuuskunnan kauppatavarat ja teloitti Mongol-suurlähettiläät.
Raivoissaan tämän loukkaantajan nykyisen suhteen Iran, Turkmenistanja Uzbekistan, mongolit laumoista kiihtyi länteen, lakaistaen kaiken opposition. Mongolit taistelivat perinteisesti juoksutaisteluja hevos selästä, mutta he olivat oppineet tekniikoita muurien kaupunkien suojaamiseksi Pohjois-Kiinan raideilla. Nämä taidot antoivat heille hyvät sijaan Keski-Aasiassa ja Lähi-idässä; kaupungit, jotka heittivät porttinsa, säästyivät, mutta mongolit tappaisivat suurimman osan kansalaisista kaikissa kaupungeissa, jotka kieltäytyivät antamasta.
Tšingis-khaanin aikana Mongolien valtakunta kasvoi kattamaan Keski-Aasia, Lähi-idän osat ja itään Korean niemimaan rajoihin. Sydänalueet Intia ja Kiina, samoin kuin Korea Goryeon kuningaskunta, piti mongolit pois toistaiseksi.
Vuonna 1227 Tšingis-khaan kuoli jättäen valtakuntansa jakautuneeksi neljä khanaattia sitä hallitsisivat hänen poikansa ja pojanpoikansa. Nämä olivat Kranat Kultakorista Venäjällä ja Itä-Euroopassa; Lähi-idän ilkhanaatti; Chagatai Khanate Keski-Aasiassa; ja Suuren Khanin khanaatti Mongoliassa, Kiinassa ja Itä-Aasiassa.
Vuonna 1229 Kuriltai valitsi Tšingis-khaanin kolmannen poikansa Ogedei seuraajakseen. Uusi suuri khaani jatkoi Mongol-imperiumin laajentumista joka suuntaan, ja perusti myös uuden pääkaupungin Karakorumiin, Mongoliaan.
Itä-Aasiassa pohjoinen kiinalainen Jin-dynastia, joka oli etnisesti Jurchen, kaatui vuonna 1234; eteläinen Song-dynastia selvisi kuitenkin. Ogedein joukot muuttivat Itä-Eurooppaan valloittaen Venäjän (nyt Venäjällä, Ukrainassa ja Valko-Venäjällä) kaupunkivaltiot ja ruhtinaskunnat, mukaan lukien Kiovan suurin kaupunki. Kauempana etelään mongolit ottivat Persian, Georgian ja Armenian myös vuoteen 1240 mennessä.
Vuonna 1241 Ogedei Khan kuoli ja pysäytti tilapäisesti mongolien vauhtia Euroopasta ja Lähi-idästä. Batu Khanin käsky oli valmistautunut hyökkäämään Wieniin, kun uutiset Ogedein kuolemasta häiritsivät johtajaa. Suurin osa mongolien aatelisesta rivissä Guyuk Khanin, Ogedein pojan, taakse, mutta setänsä kieltäytyi kutsumasta kurultaihin. Yli neljä vuotta suuri Mongolivaltakunta oli ilman suurta khaania.
Lopulta vuonna 1246 Batu Khan suostui Guyuk Khanin valintaan pyrkiessään pidättämään lähestyvästä sisällissodasta. Guyuk Khanin virallinen valinta tarkoitti, että mongolien sotakone voisi jälleen hiota käyttöön. Jotkut aiemmin valloitetut kansat käyttivät kuitenkin tilaisuutta irtautua mongolien hallinnasta, kun taas valtakunta oli peräsmätön. The Assassins tai Hashshashin Esimerkiksi Persian kieltäytyi tunnustamasta Guyuk Khania heidän maidensa hallitsijaksi.
Vain kaksi vuotta myöhemmin, vuonna 1248, Guyuk Khan kuoli joko alkoholismiin tai myrkytyksiin riippuen siitä, kumpaa lähdettä uskotaan. Jälleen kerran keisarillisen perheen oli valittava seuraaja kaikkien Tšingis-khaanin poikien ja pojanpoikien joukosta ja tehtävä yksimielisyys heidän leviävän imperiuminsa välillä. Kesti aikaa, mutta 1251 kurultai valitsi virallisesti Mongke Khanin, Tšingis-pojanpojan ja Toluin pojan, uudeksi suureksi khaaniksi.
Enemmän byrokraattia kuin jotkut hänen edeltäjistään, Mongke Khan puhdisti monet serkkunsa ja heidän kannattajansa hallituksesta vahvistaakseen omaa valtaansa ja uudistaakseen verojärjestelmää. Hän suoritti myös valtakunnan laajuisen väestönlaskennan vuosina 1252–1258. Mongken nojalla mongolit kuitenkin jatkoivat laajentumistaan Lähi-itään samoin kuin yrittäen valloittaa laulukiinan.
Mongke Khan kuoli vuonna 1259 kampanjassaan Laulua vastaan. Mongolivaltakunta tarvitsi jälleen uuden pään. Kun keisarillinen perhe keskusteli peräkkäin, Hulagu Khanin joukot, jotka olivat mursanneet salamurhaajat ja potkaneet muslimin Kalifipääkaupunki Bagdadissa tapasi tappion egyptiläisten käsissä Mamluks että Ayn Jalutin taistelu. Mongolit eivät koskaan aloittaisi laajentumistaan lännessä, vaikka Itä-Aasia oli eri asia.
Tällä kertaa Mongolien valtakunta laski sisällissodassa ennen toista Tšingis-khaani pojanpoikaa, Kublai Khan, onnistui ottamaan vallan. Hän voitti serkkunsa Ariqboqen vuonna 1264 kovan taistelun jälkeen ja otti valtakunnan ohjat.
Vuonna 1271 suuri khaani nimitti itsensä Yuan-dynastia Kiinassa ja muutti innokkaasti lopulta valloittamaan Song-dynastian. Viimeinen Song-keisari antautui vuonna 1276 ja merkitsi Mongolien voittoa koko Kiinasta. Korea joutui myös osoittamaan kunnioitusta juanille lisätaistelujen ja diplomaattisen vahvan aseistamisen jälkeen.
Kublai Khan jätti lännen osan valtakunnastaan sukulaistensa hallintoon keskittyen laajentumiseen Itä-Aasiaan. Hän pakotti Burma, Annam (pohjoinen Vietnam), Champan (eteläinen Vietnam) ja Sahalinin niemimaan sivujokisuhteisiin Yuan-Kiinan kanssa. Kuitenkin hänen kallis hyökkäykset Japaniin sekä 1274 että 1281 ja Java (nykyään osa Indonesia) vuonna 1293 olivat täydellisiä fiaskoja.
Kublai Khan kuoli vuonna 1294, ja Yuan-imperiumi siirtyi ilman kurultata Temur Khanille, Kublain pojanpojalle. Tämä oli varma merkki siitä, että mongolit olivat tulossa sinofiediksi. Ilkhanateessa uusi mongolijohtaja Ghazan kääntyi islamiin. Keski-Aasian Chagatai-khanaten ja yuanin tukeman Ilkhanaten välillä puhkesi sota. Kultaisen lauman hallitsija Ozbeg, myös muslimi, käynnisti uudelleen mongolien sisällissodat vuonna 1312; 1330-luvulle mennessä Mongolien valtakunta oli tulossa saumoihin.
Vuonna 1335 mongolit menettivät hallinnan Persiasta. Mustasurma pyyhkäisi koko Keski-Aasian Mongol-kauppareittejä pitkin ja pyyhki kokonaisia kaupunkeja. Goryeo Korea heitti mongolit pois 1350-luvulla. Vuoteen 1369 mennessä Kultainen lauma oli menettänyt Valkovenäjän ja Ukrainan länteen; Sillä välin Chagatai Khanate hajosi ja paikalliset sotapäälliköt astuivat täyttämään tyhjiön. Merkittävin kaikista vuonna 1368 Yuan-dynastia menetti vallansa Kiinassa, jonka etninen Han-kiinalainen Ming-dynastia kaatoi.
Tšingis-Khanin jälkeläiset jatkoivat hallintaa itse Mongoliassa vuoteen 1635 asti, jolloin he voittivat Manchus. Heidän suuri valtakuntansa, maailman suurin vierekkäinen maa-imperiumi, hajosi kuitenkin 14. vuosisadalla alle 150 vuoden olemassaolon jälkeen.