Mikroevoluutio perustuu molekyylitasolla tapahtuviin muutoksiin, jotka aiheuttavat lajien muuttumisen ajan myötä. Nämä muutokset voivat olla mutaatiot DNA: ssa, tai ne voivat olla virheitä, joita tapahtuu aikana mitoosin tai meioosi suhteessa kromosomit. Jos kromosomeja ei jaeta oikein, voi olla mutaatioita, jotka vaikuttavat solujen koko geneettiseen rakenteeseen.
Mitoosin ja meioosin aikana kara tulee ulos keskialueista ja kiinnittyy kromosomiin sentromeerissä vaiheessa, jota kutsutaan metafaasiksi. Seuraava vaihe, anafaasi, löytää sisarkromatidit, joita pidättää yhdessä sen jälkeen, kun sentromeeri vetää toisistaan karan toisiinsa päihin. Lopulta ne sisarkromatidit, jotka ovat geneettisesti identtisiä toistensa kanssa, päätyvät eri soluihin.
Koska sisarkromatidit ovat tarkkoja kopioita toisistaan, elleivät ne jakaudu keskiosaan, jotkut geenit kopioituvat kromosomiin. Kun sisarkromatideja vedetään eri soluihin, solut, joissa on kopioituja geenejä, tuottavat enemmän proteiineja ja yliekspressoivat ominaisuutta. Toinen sukusolu, jolla ei ole kyseistä geeniä, voi olla tappava.
Jos meioosin aikana tehdään virhe, jonka seurauksena osa kromosomista hajoaa ja katoaa, sitä kutsutaan deleetioksi. Jos deleetio tapahtuu geenissä, joka on elintärkeä yksilön selviytymiselle, se voi aiheuttaa vakavia ongelmia ja jopa kuoleman kyseisestä sukusolusta valmistetun tsygootin kanssa deleetiolla. Toisinaan menetetty kromosomin osa ei aiheuta jälkeläisten kuolemaa. Tämäntyyppinen poisto muuttaa käytettävissä olevia piirteitä geeniallas. Joskus mukautukset ovat edullisia ja valitaan positiivisesti luonnollisen valinnan aikana. Muina aikoina nämä poistot todella tekevät jälkeläisistä heikompia ja ne kuolevat, ennen kuin ne voivat lisääntyä ja siirtää uuden geenin seuraavalle sukupolvelle.
Kun pala kromosomista hajoaa, sitä ei aina menetetä kokonaan. Joskus pala kromosomista kiinnittyy erilaiseen, ei-homologinen kromosomi se on myös menettänyt pala. Tämän tyyppistä kromosomimutaatiota kutsutaan translokaatioksi. Vaikka geeni ei ole kokonaan menetetty, tämä mutaatio voi aiheuttaa vakavia ongelmia, koska geenit koodataan väärään kromosomiin. Jotkut piirteet tarvitsevat lähellä olevia geenejä indusoimaan niiden ilmentymistä. Jos he ovat väärässä kromosomissa, niin heillä ei ole niitä auttajageenejä aloittaakseen heidät ja niitä ei ekspressoida. On myös mahdollista, että lähistöllä olevat geenit eivät ekspressoineet tai estäneet geeniä. Translokaation jälkeen nuo inhibiittorit eivät ehkä pysty pysäyttämään ekspressiota ja geeni transkriptoidaan ja transloidaan. Jälleen, geenistä riippuen, tämä voi olla positiivinen tai negatiivinen muutos lajeille.
Toista vaihtoehtoa erotetulle kromosomipalalle kutsutaan inversioksi. Inversion aikana kromosomin pala kääntyy ympäri ja kiinnittyy uudelleen muuhun kromosomiin, mutta ylösalaisin. Ellei geenejä tarvitse säädellä muilla geeneillä suoran kosketuksen kautta, inversiot eivät ole yhtä vakavia ja pitävät kromosomin toimimaan usein oikein. Jos lajeille ei ole vaikutusta, käännöstä pidetään hiljaisena mutaationa.