Espanjan konkistadorit saavuttivat Saarten saarille Filippiinit vuonna 1521. He nimettivät maan myöhemmin Kuningas Philip II Espanjan presidentti vuonna 1543, painostaen siirtämään saaristoa huolimatta sellaisista takaiskuista kuin 1521 Ferdinand Magellan, tapettiin Lapu-Lapu-joukkojen taistelussa Mactan-saarella.
Vuosina 1565–1821 Uuden Espanjan uskollisuus hallitsi Filippiinejä Meksikosta. Vuonna 1821 Meksikosta tuli itsenäinen, ja Espanjan hallitus Madridissa otti suoran hallinnan Filippiineiltä.
Vuosina 1821 - 1900 filippiiniläinen nationalismi juurtui ja kasvaa aktiiviseksi anti-imperialiseksi vallankumoukseksi. Kun Yhdysvallat voitti Espanjan Espanjan ja Yhdysvaltojen välinen sota Filippiinit eivät saavuttaneet itsenäisyyttään vuonna 1898, vaan sen sijaan siitä tuli amerikkalainen. Seurauksena sissisota ulkomaalaista imperialismia vastaan muutti yksinkertaisesti raivonsa tavoitteen Espanjan hallituksesta Amerikan hallintoksi.
Kolme avainjohtajaa innoitti tai johti filippiiniläisten itsenäisyysliikettä. Kaksi ensimmäistä - Jose Rizal ja Andres Bonifacio - antaisi nuorten ihmisten elämän. Kolmas, Emilio Aguinaldo, ei vain selvinnyt tullakseen Filippiinien ensimmäiseksi presidentiksi, vaan myös jatkoi 90-luvun puoliväliään.
Jose Rizal oli loistava ja monitaitoinen mies. Hän oli lääkäri, kirjailija ja La Liga, rauhanomainen kolonialismin vastainen painosryhmä, joka kokoontui vain kerran vuonna 1892 ennen kuin Espanjan viranomaiset pidättivät Rizalin.
Jose Rizal inspiroi seuraajiaan, mukaan lukien tulinen kapinallisen Andres Bonifacion, joka osallistui kyseiseen alkuperäiseen La Liga -kokoukseen ja perusti ryhmän uudelleen Rizalin pidätyksen jälkeen. Bonifacio ja kaksi kumppania yrittivät myös pelastaa Rizalin Espanjan alukselta Manilan satamassa kesällä 1896. Joulukuuhun mennessä 35-vuotias Rizal kuitenkin tuomittiin huijaavassa sotilastuomioistuimessa, ja Espanjan ampumajoukot teloittivat sen.
Andres Bonifacio, Manilan köyhemmästä keskiluokan perheestä, liittyi Jose Rizalin jäseneksi rauhallinen La Liga -ryhmä, mutta uskoi myös, että Espanjan piti ajaa Filippiineiltä Filippiineillä pakottaa. Hän perusti Katipunan-kapinallisryhmän, joka julisti itsenäisyyden Espanjasta vuonna 1896 ja ympäröi Manilaa sissitaistelijoilla.
Bonifacio auttoi organisoimaan Espanjan hallintoa ja vastustamaan sitä. Hän julisti itsensä vasta itsenäisen Filippiinien presidentiksi, vaikka mikään muu maa ei tunnustanut hänen vaatimustaan. Itse asiassa jopa muut filippiiniläiset kapinalliset haastoivat Bonifacion oikeutta presidenttikuntaan, koska nuorella johtajalla ei ollut yliopistotutkintoa.
Vain vuosi sen jälkeen, kun Katipunan-liike aloitti kapinansa, kapinallismies Emilio Aguinaldo teloitti Andres Bonifacion 34-vuotiaana.
Emilio Aguinaldon perhe oli suhteellisen varakas ja hallitsi poliittista valtaa Caviten kaupungissa, kapealla niemimaalla, joka juontaa Manilanlahteen. Aguinaldon suhteellisen etuoikeutettu tilanne antoi hänelle mahdollisuuden saada hyvää koulutusta, kuten Jose Rizal oli tehnyt.
Aguinaldo liittyi Andres Bonifacion Katipunan-liikkeeseen vuonna 1894 ja siitä tuli Cavitin alueen kenraali, kun avoin sota puhkesi vuonna 1896. Hänellä oli parempi sotilaallinen menestys kuin Bonifaciossa ja hän katsoi itsensä nimittämää presidenttiä koulutuksen puutteen vuoksi.
Tämä jännitys tuli päähän, kun Aguinaldo piti vaalit ja julisti itsensä presidentiksi Bonifacion tilalle. Saman vuoden loppuun mennessä Aguinaldo olisi saanut Bonifacion teloitettua huijauksen jälkeen.
Aguinaldo meni maanpakoon vuoden 1897 lopulla antautumisensa jälkeen espanjalaisille, mutta hänet tuotiin takaisin Filippiinit Yhdysvaltain joukot vuonna 1898 liittymään taisteluun, joka syrjäytti Espanjan melkein neljän vuosisadan jälkeen. Aguinaldo tunnustettiin Filippiinien itsenäisen tasavallan ensimmäiseksi presidentiksi, mutta oli pakotettiin takaisin vuorille kapinallisjohtajana jälleen kerran, kun Filippiinien ja Yhdysvaltojen välinen sota puhkesi 1901.