Tuhoisat tulvat Keltainen joki pestiin pois sato, hukkui kyläläiset ja muutti joen reittiä niin, että se ei enää kohtaa Grand Canalia. Näiden katastrofien nälkäiset selviäjät alkoivat ajatella, että heidän etnisten mongoliensa hallitsijat, Yuan-dynastia, oli menettänyt Taivaan mandaatti. Kun nämä samat hallitsijat pakottivat 150 000 - 200 000 han-kiinalaisistaan kääntymään massiivisen työvoimakorveen taakse kaivaakseen kanavan vielä kerran ja liittymään sen jokeen, työväenmiehet kapinoivat. Tämä Punaisen Turbanin kapinaksi kutsuttu kapina merkitsi Mongolien Kiinan hallinnan loppua.
Punaisten turbanien ensimmäinen johtaja Han Shantong rekrytoi seuraajansa pakkotyöntekijöistä, jotka olivat kaivanneet kanavapohjaa vuonna 1351. Hanin isoisä oli ollut lahkojen johtaja Valkoisen lootuksen lahkoon, joka tarjosi Punaisen Turbanin kapinan uskonnolliset lähtökohdat. Yuan-dynastian viranomaiset vangitsivat ja teloittivat pian Han Shantongin, mutta hänen poikansa otti paikkansa kapinan kärjessä. Molemmat Hans pystyivät pelaamaan seuraajiensa nälkää, heidän tyytymättömyytensä pakotettua työskentelemään maksamatta hallitukselle, ja heidän syvällinen haluttomuutensa hallita "barbaareja" vuodesta Mongolia. Pohjois-Kiinassa tämä johti Punaisen Turbanin hallituksen vastaisen toiminnan räjähdykseen.
Samaan aikaan Etelä-Kiinassa alkoi toinen Punaisen Turbanin kapina Xu Shouhuin johdolla. Sillä oli samanlaisia valituksia ja päämääriä kuin pohjoisilla punaisilla turbaneilla, mutta näitä kahta ei koordinoitu millään tavalla.
Vaikka talonpojasotilaat tunnistettiin alun perin valkoisella värillä (Valkoisen lootusyhdistyksen edustajilta), he muuttuivat pian paljon onnellisemmaksi punaiseksi. Tunnistaakseen itsensä, he käyttivät punaisia päänauhoja tai Hong Jin, joka antoi kapinalle yleisen nimen "Punainen Turbanin kapina". Aseistettu hätäsiirtoaseilla ja maatilavälineillä, niiden ei olisi pitänyt olla todellinen uhka keskushallinnon mongolien johtamille armeijoille, mutta Yuan-dynastia oli myllerryksessä.
Alun perin kykevä komentaja, nimeltään pääneuvosto Toghto, pystyi koottamaan 100 000 keisarillisen sotilaan tehokkaan joukon pohjoisten punaisten turbanien laskemiseen. Hän onnistui vuonna 1352 ohittamaan Hanin armeijan. Vuonna 1354 punaiset turbanit jatkoivat hyökkäystä jälleen leikkaamalla Grand Canalin. Toghto kokosi joukon, jonka perinteisesti oli miljoona, vaikka se on epäilemättä törkeä liioittelu. Juuri kun hän aloitti liikkumisen Punaisia Turbania vastaan, tuomioistuimen juonittelu johti keisarin erottamaan Toghton. Hänen raivostuneet upseerinsa ja monet sotilaat hylkäsivät mieltään hänen poistumisestaan. Yuan-tuomioistuin ei koskaan löytänyt toista tehokasta kenraaalia johtamaan Punaisen Turbanin vastaisia toimia.
1350-luvun lopulla ja 1360-luvun alkupuolella Punaisten Turbanien paikalliset johtajat taistelivat keskenään sotilaiden ja alueen valvomiseksi. He käyttivät niin paljon energiaa toisiinsa, että juanin hallitus jätettiin hetkeksi suhteellisen rauhaan. Vaikuttaa siltä, että kapina voisi romahtaa eri sotapäälliköiden kunnianhimojen alla.
Han Shantongin poika kuitenkin kuoli vuonna 1366; Jotkut historioitsijat uskovat, että hänen kenraalinsa Zhu Yuanzhang oli hukannut hänet. Vaikka Zhu vei vielä kaksi vuotta, Zhu johti talonpoika-armeijaansa vangitakseen mongolien pääkaupungin Dadun (Peking) vuonna 1368. Yuan-dynastia kaatui ja Zhu perusti uuden, etnisesti-Hanin Kiinalainen dynastia nimeltään Ming.