Tietyillä alueilla, kuten Etelä-Intiassa, hinduvaltakunnat pitivät muslimien vuorovesiä ja jopa vastustivat sitä. Subkontinenssi kohtasi myös kuuluisten Keski-Aasian valloittajien hyökkäyksiä Tšingis-kaani, joka ei ollut muslimi, ja Timur tai Tamerlane, joka oli.
Tämä ajanjakso oli Mughal-aikakauden (1526–1857) edeltäjä. Mughal-imperiumi perusti Uzuristanista alun perin muslimien ruhtinas Babur. Erityisesti myöhemmin Mughals Akbar Suuri, muslimikeisarit ja heidän hindulaisuutensa saavuttivat ennennäkemättömän ymmärryksen ja loivat kauniin ja kukoistavan monikulttuurisen, monietnisen ja uskonnollisesti monimuotoisen valtion.
Vuonna 1206 entinen Mamluk orja nimeltä Qutbubuddin Aibak valloitti Pohjois-Intian ja perusti valtakunnan. Hän nimitti itsensä Delhin sultaniksi. Aibak oli keskiaasialainen turkkilainen puhuja, samoin kuin seuraavien neljän Delhi-sultanaatin kolmen perustajat. Yhteensä viisi muslimisultanien dynastiaa hallitsi suurta osaa Pohjois-Intiasta vuoteen 1526 saakka, jolloin Babur pyyhkäisi alas Afganistanista löytääkseen Mughal-dynastian.
Vuonna 1221 sulttaani Jalal ad-Din Mingburnu pakeni pääkaupungistaan Samarkandissa, Uzbekistanissa. Hänen Khwarezmid-imperiuminsa oli pudonnut Tšingis-kaanin edistyneisiin armeijoihin, ja hänen isänsä oli tapettu, joten uusi sulttaani pakeni etelään ja itään Intiaan. Indus-joen rannalla nykyisessä Pakistanissa mongolit kiinni Mingburnu ja hänen jäljellä olevat 50 000 joukkoaan. Mongolien armeija oli vain 30 000 vahva, mutta se kiinnitti persialaisia joen rannalle ja hävitti heidät. Saattaa olla helppo pahoillani sulttaanista, mutta hänen isänsä päätös murhata Mongol-lähettiläitä oli välitön kipinä, joka lähti mongolien valloitukset Keski-Aasiasta ja sen ulkopuolelta.
Etelä-Intian Chola-dynastialla oli yksi kaikkien ihmisten historian pisimmistä ajoista. Se perustettiin jonkin aikaa 300-luvulla eKr., Se kesti vuoteen 1250 CE. Yksittäisestä ratkaisevasta taistelusta ei ole kirjaa; naapurimaiden Pandyan-imperiumi kasvoi pikemminkin vain vahvuudeltaan ja vaikutusvaltaansa siinä määrin, että se varjosti ja sammutti vähitellen muinaisen Cholan valtakunnan. Nämä hinduvaltakunnat olivat riittävän kaukana etelään päästäkseen Keski-Aasiasta tulevien muslimivalloittajien vaikutuksesta.
Vuonna 1290 Mamluk-dynastia Delhissä kaatui, ja Khilji-dynastia nousi sen sijaan, että siitä tuli toinen viidestä perheestä, jotka hallitsivat Delhi-sulttaania. Khilji-dynastia pysyisi vallassa vain vuoteen 1320 asti.
Lyhyen 30-vuotisen hallituskautensa aikana Khilji-dynastia onnistui onnistuneesti torjumaan joukon hyökkäyksiä Mongolien valtakunnasta. Viimeinen, ratkaiseva taistelu, joka päättyi Mongolien yrityksiin viedä Intiaa, oli Jalandharin taistelu vuonna 1298, jossa Khiljin armeija teurasti noin 20 000 mongolia ja ajoi eloonjääneet Intiasta hyvä.
Vuonna 1320 uusi sekoitettu turkkilaisen ja intialaisen veren perhe otti hallintaansa Delhi-sultanaatin, Tughlaq-dynastian ajan alkaessa. Ghazi Malikin perustama Tughlaq-dynastia laajeni etelään Deccan-tasangon poikki ja valloitti ensimmäisen kerran suurimman osan Etelä-Intiasta. Nämä alueelliset hyödyt eivät kuitenkaan kestäneet kauan. Vuoteen 1335 mennessä Delhi Sultanate oli kutistunut takaisin tottuneelle alueelleen Pohjois-Intiaan.
Mielenkiintoista on, että kuuluisa marokkolainen matkustaja Ibn Battuta toimi Qadi tai islamin tuomari Ghazi Malikin tuomioistuimessa, joka oli ottanut valtaistuimen nimen Ghyasuddin Tughlaq. Hän ei ollut myönteisesti vaikuttanut Intian uuteen hallitsijaan, tuomiten erilaisia kidutuksia ihmiset, jotka eivät maksaneet veroja, mukaan lukien silmänsä revitty tai sula sula lyijy, kaatoi heidän kurkku. Ibn Battuta oli erityisen kauhistunut siitä, että nämä kauhut tehtiin muslimeja ja uskomattomia vastaan.
Kun Tughlaqin valta väheni nopeasti Etelä-Intiassa, uusi hinduimperiumi kiirehti täyttämään valta tyhjiön. Vijayanagaran imperiumi hallitsisi yli kolmesataa vuotta Karnatakasta. Se toi Etelä-Intiaan ennennäkemättömän yhtenäisyyden, joka perustuu pääasiassa hindujen solidaarisuuteen pohjoisessa havaitun muslimien uhan edessä.
Vaikka Vijayanagara pystyi yhdistämään suuren osan Etelä-Intiasta, he menettivät pian hedelmällisen Deccan-tasangon, joka ulottuu mantereen vyötärön poikki, uudelle muslimisultanataselle. Turkkilainen kapina perusti Bahmanin sulttaanin Tughlaqia vastaan nimeltään Ala-ud-Din Hassan Bahman Shah. Hän halusi dekaanin pois Vijayanagarasta, ja hänen sulttaaninsa pysyi vahvana yli vuosisadan. Bahmanin sulttaani kärsi kuitenkin 1480-luvulla jyrkästä laskusta. Vuoteen 1512 mennessä viisi pienempää sultanaattia oli katkennut. Viisitoista vuotta myöhemmin Bahmanin keskivaltio oli poissa. Lukemattomissa taisteluissa ja taisteluissa pienet seuraajavaltiot onnistuivat torjumaan Vijayanagar-imperiumin täydelliset tappiot. Kuitenkin vuonna 1686 armoton keisari Aurengzeb Mughalien joukosta valloitti Bahmani-sulttaanin viimeiset jäännökset.
Madurai-sultanaatti, joka tunnetaan myös nimellä Ma'bar -sultanaatti, oli toinen turkkilaisten hallitsema alue, joka oli vapautunut Delhi-sulttaanista. Kaukaiseen etelään Tamil Nadussa sijaitseva Madurai-sulttaani kesti vain 48 vuotta ennen kuin Vijayanagaran kuningaskunta valloitti sen.
Länsikalenterin 14. vuosisata päättyi vereen ja kaaokseen Delhi-sulttaanin Tughlaq-dynastialle. Verenhimoinen valloittaja Timur, joka tunnetaan myös nimellä Tamerlane, hyökkäsi Pohjois-Intiaan ja alkoi valloittaa Tughlaqin kaupungit yksi kerrallaan. Vaikeuksissa olevien kaupunkien kansalaiset murhattiin, heidän leikatut päänsä kasettiin pyramidiin. Joulukuussa 1398 Timur otti Delhin ryöstäen kaupungin ja teurastaakseen sen asukkaat. Tughlaqit pitivät valtaa vuoteen 1414 asti, mutta heidän pääkaupunginsa eivät toipuneet Timurin kauhusta yli vuosisadan.