Kuten kaikki tutkijat, Darwin rakensi monien tutkimuksia tutkijoita, jotka tulivat hänen eteensä. Jo muinaiset filosofit keksivät tarinoita ja ideoita, joita pidettäisiin evoluution perustana. Joten miksi Darwin saa kunniaa evoluutioteorian keksimisestä? Hän julkaisi ensimmäisenä paitsi teorian, myös todisteet ja mekanismin (luonnollinen valinta) evoluution tapahtumiselle. On huomattava, että Darwinin alkuperäinen julkaisu luonnollisesta valinnasta ja evoluutiosta oli itse asiassa yhteinen paperi Alfred Russel Wallace, mutta keskusteltuaan geologin kanssa Charles Lyell, Darwin meni nopeasti Wallacen selän taakse kirjoittaa tiivistelmä ja julkaista väitetysti kuuluisimman teoksensa Lajien alkuperästä.
Charles Darwinin tiedot ja kirjoitukset jaettiin vuonna 1858 Lontoon Linnaean Society -yhdistyksen vuosikokouksessa. Charles Lyell itse kokoonsi Darwinin työn Alfred Russel Wallacen julkaisemien tietojen kanssa ja sai ne kokouksen esityslistalle. Ajatus luonnollisen valinnan kautta tapahtuvasta evoluutiosta sai parhaimmillaan haalean vastaanoton. Darwin ei ollut vielä halunnut julkaista teoksensa, koska hän oli silti kokoamassa teoksia vakuuttavan väitteen laatimiseksi. Vuotta myöhemmin hän julkaisi
Lajien alkuperästä. Kirja, joka oli täynnä todisteita ja postuloi siitä, kuinka lajit muuttuvat ajan myötä, hyväksyttiin laajemmin kuin ideoiden alkuperäinen julkaiseminen. Hän tapasi kuitenkin jonkin verran vastustusta ja jatkoi kirjan muokkaamista ja lisää todisteita ja ideoita useita kertoja, kunnes kuoli vuonna 1882.Vastoin yleistä uskoa, Charles Darwin ei ollut ateisti. Itse asiassa yhdessä vaiheessa hän opiskeli tulla papiksi. Hänen vaimonsa Emma Wedgwood Darwin oli uskollinen kristitty ja oli erittäin aktiivinen Englannin kirkon kanssa. Darwinin havainnot kuitenkin muuttivat hänen uskoaan vuosien mittaan. Darwinin kirjoittamissa kirjeissä hän kuvaili itseään “agnostilla” lähellä elämänsä loppua. Suuri osa hänen uskonmuutoksesta johtui tosissaan tyttärensä pitkästä, tuskallisesta sairaudesta ja kuolemasta, ei välttämättä hänen työstään evoluutiossa. Hän uskoi, että uskonto tai usko oli tärkeä osa ihmisen olemassaoloa, ja hän ei koskaan pilkonnut tai vihannut ketään, joka halusi uskoa. Hänet lainataan usein sanomalla, että on olemassa mahdollisuus jonkinlaista korkeampaa voimaa, mutta hän ei enää seurasi kristinuskoa, ja hänelle oli tuskallista, että hän ei voinut uskoa Raamatun suosikkikirjoihinsa: Evankeliumit. Liberaali Unitaarinen kirkko itse asiassa omaksui Darwinin ja hänen ideansa kiitoksella ja alkoi sisällyttää evoluutioideat heidän uskomusjärjestelmäänsä.
Tämä väärinkäsitys Charles Darwinista näyttää tulevan hänen väitetysti kuuluisimman kirjan nimikkeestä Lajien alkuperästä. Vaikka otsikko näyttää osoittavan selityksen elämän alkamisesta, niin ei ole. Darwin ei anna ajatuksia siitä, kuinka elämä alkoi maan päällä, koska se oli hänen tietojensa ulkopuolella. Sen sijaan teoksessa esitetään ajatus siitä, kuinka lajit muuttuvat ajan myötä luonnollisen valinnan avulla. Vaikka hypoteesina on, että koko elämä liittyy jotenkin yhteiseen esi-isään, Darwin ei yritä selittää, kuinka kyseinen esi-esi syntyi. Darwinin evoluutioteoria perustui siihen, mitä nykyajan tutkijat pitävät makroevoluutiona ja biologisena monimuotoisuutena kuin mikroevoluutio ja elämän rakennuspalikoita.
Darwin oli taistelu päättää, sisällytetäänkö hänen ajatuksensa vai ei ihmisen evoluutio hänen julkaisuissaan. Hän tiesi, että niistä tulee kiistanalaisia, ja vaikka hänellä oli pintapuolisia todisteita ja paljon intuitiota aiheesta, hän aluksi erosi selittämästä, miten ihmiset olivat kehittyneet. Lopulta hän kirjoitti Ihmisen laskeutuminen ja selitti hypoteesin ihmisten kehityksestä. Hän ei kuitenkaan koskaan sanonut, että ihmiset ovat kehittyneet apinoista, ja tämä lausunto osoittaa yleisen väärinkäsityksen evoluutiokäsityksestä. Ihmiset liittyvät kädellisiin, kuten apinoihin, elämäpuussa. Ihmiset eivät kuitenkaan ole välittömiä apinoiden tai apinojen jälkeläisiä ja kuuluvat sukupuun eri haaraan. Olisi tarkemmin sanoa, että ihmiset ja apinat ovat serkut, sanoen sen tutulla tavalla.