(2) Happojen ja emästen Bronsted-Lowry-teoriatermi konjugaatti tarkoittaa happoa ja emästä, jotka eroavat toisistaan protonin avulla. Kun happo ja emäs reagoivat, happo muodostaa konjugoidun emäksensä, kun emäs muodostaa sen konjugaattihapoksi:
Reaktion nuoli osoittaa sekä vasemmalle että oikealle, koska reaktio tasapainossa tapahtuu molemmissa eteenpäin suuntaan tuotteiden muodostamiseksi ja käänteiseen suuntaan tuotteiden muuttamiseksi takaisin reagensseiksi. Happo menettää protonin tullakseen sen konjugaattiemäkseksi A- kun emäs B hyväksyy protonin tulla sen konjugaattihapoksi HB+.
(3) Konjugointi on päällekkäisyyttä p-orbitaalit yli σ-sidoksen (sigma-sidos). Siirtymämetalleissa d-orbitaalit voivat olla päällekkäisiä. Orbitaaleilla on delokalisoituneet elektronit, kun molekyylissä on vuorottelevat yhden ja moninkertaiset sidokset. Sidokset vuorottelevat ketjussa, kunhan jokaisella atomilla on käytettävissä p-orbitaali. Konjugaatiolla on taipumus alentaa molekyylin energiaa ja lisätä sen stabiilisuutta.
Konjugaatio on yleistä johtavissa polymeereissä, hiilinanoputkissa, grafeenissa ja grafiitissa. Se on nähty monissa orgaanisissa molekyyleissä. Muiden sovellusten joukossa konjugoidut järjestelmät voivat muodostaa kromoforeja. Kromoforit ovat molekyylejä, jotka voivat absorboida tiettyjä valon aallonpituuksia, mikä johtaa niiden värjäytymiseen. Kromoforeja löytyy väriaineista, silmän valoreseptoreista ja hehkuvat tummissa pigmenteissä.