Ei aina ollut mahdollista määrittää, millä puolella tietyt henkilöt taistelivat Yhdysvaltain sisällissodan aikana, etenkin kun liittovaltion sissi oli mukana Missourin osavaltiossa. Vaikka Missouri oli rajavaltio, joka pysyi puolueettomana sisällissodan aikana, valtio tarjosi enemmän yli 150 000 joukkoa, jotka taistelivat tämän konfliktin aikana - 40 000 konfederaation puolella ja 110 000 joukot Liitto.
Vuonna 1860 Missourissa pidettiin perustuslaillinen valmistelukunta, jonka pääaihe oli erottuminen ja äänestys oli pysyä unionissa, mutta pysyä puolueettomana. Vuonna 1860 pidetyissä presidentinvaaleissa Missouri oli yksi vain kahdesta demokraattisten ehdokkaiden Stephen A: n osavaltiosta. Douglas, joka kannettiin (New Jersey oli toinen) republikaanien yli Abraham Lincoln. Kaksi ehdokasta oli tavannut sarjoissa keskustelut jossa he keskustelivat henkilökohtaisista vakaumuksistaan. Douglas oli ajautunut alustalla, joka halusi ylläpitää nykyistä tilannetta, kun taas Lincoln uskoi, että orjuus oli asia, jota koko unionin oli käsiteltävä.
William Quantrillin nousu
Sisällissodan alkamisen jälkeen Missouri jatkoi yritystään pysyä puolueettomana, mutta päätyi kahteen eri hallitukseen, jotka tukivat vastakkaisia puolia. Tämä aiheutti monia tapauksia, joissa naapurit taistelivat naapureita vastaan. Se johti myös kuuluisiin sissijohtajiin, kuten William Quantrill, joka rakensi oman armeijan, joka taisteli konfederaation puolesta.
William Quantrill syntyi Ohiossa, mutta lopulta asettui Missouriin. Sisällissodan alkaessa Quantrill oli Texasissa, missä hän ystävystyi Joel B. Mayes, joka valitaan myöhemmin Cherokee Nationin pääjohtajaksi vuonna 1887. Juuri tämän assosioinnin aikana Mayesin kanssa hän oli oppinut sissisotataiteen taiteen alkuperäiskansoilta.
Quantrill palasi Missouriin ja elokuussa 1861 hän taisteli kenraali Sterling Price -taistelulla Wilsonin puron taistelussa lähellä Springfieldiä. Pian tämän taistelun jälkeen Quantrill lähti konfederaation armeijasta muodostamaan oman ns. Epäsäännöllisten armeijan, joka tuli surullisesti tunnetuksi Quantrillin raidereilla.
Aluksi Quantrillin raiderit koostuivat hieman yli kymmenestä miehestä ja he partioivat Kansas-Missourin rajalla, missä väkijohtivat sekä unionin sotilaita että unionin kannattajia. Heidän pääväestönsä olivat Jayhawkers-Kansas-siserit, joiden uskollisuus oli unioniin liittyvää. Väkivalta tuli niin pahaksi, että alue tunnetaan nimellä ' Verenvuoto Kansas'.
Vuoteen 1862 mennessä Quantrillilla oli noin 200 miestä käskyssään ja keskittyi hyökkäyksiin Kansas Cityn ja Itsenäisyyden kaupungin ympäri. Koska Missouri jaettiin unionin ja konfederaation lojaalien kesken, Quantrill pystyi helposti rekrytoimaan eteläisiä miehiä, jotka vastustivat sitä, minkä he pitivät unionin ankarina sääntöinä.
James Brothers ja Quantrill's Raiders
Vuonna 1863 Quantrillin joukot olivat kasvaneet yli 450 mieheksi, joista yksi oli Jesse Jamesin vanhempi veli Frank James. Elokuussa 1863 Quantrill ja hänen miehensä tekivät niin kutsutun Lawrence-verilöylyn. He polttivat Kansasin Lawrence-kaupungin ja tappoivat yli 175 miestä ja poikaa, monet heistä perheensä edessä. Vaikka Quantrill kohdistui Lawrenceen, koska se oli Jayhawkersin keskus, uskotaan, että terroristi kaupunkien asukkaat johtuivat siitä, että unioni vangitsi Quantrillin kannattajien ja liittolaisten perheenjäsenet, mukaan lukien William T. Anderson - joka oli Quantrill's Raidersin avainjäsen. Joukko näistä naisista kuoli, mukaan lukien yksi Andersonin sisareista unionin vankiessa.
Anderson, jonka lempinimi oli "Verinen Bill". Quantrillilla olisi myöhemmin putoaminen, joka sai Andersonista johtamaan suurimman osan Quantrillin sissiryhmästä, johon kuuluisi kuusitoistavuotias Jesse James. Toisaalta Quantrillillä oli nyt vain muutama kymmenkunta voimaa.
Centralia verilöyly
Syyskuussa 1864 Andersonilla oli armeija, jonka kokonaismäärä oli noin 400 sissiä. He valmistautuivat auttamaan konfederaation armeijaa kampanjassa hyökkäämään Missouriin. Anderson vei noin 80 sissustaan Keskiosiin Missouriin kerätäkseen tietoja. Aivan kaupungin ulkopuolella Anderson pysäytti junan. Aluksella oli 22 unionin sotilasta, jotka olivat lomalla ja olivat aseettomia. Kun he olivat määränneet nämä miehet poistamaan univormut, Andersonin miehet teloittivat heidät kaikki 22. Anderson käyttäisi myöhemmin näitä unionin univormuja naamiointiin.
Lähellä sijaitseva noin 125 sotilasjoukon joukko alkoi seurata Andersonia, joka oli tähän mennessä liittynyt koko hänen koko joukkoon. Anderson asetti ansaan käyttämällä pieni joukko voimaansa syöttinä, johon unionin sotilaat putosivat. Sitten Anderson ja hänen miehensä ympäröivät unionin joukkoja ja tappoivat jokaisen sotilaan, pilaantuneen ja päällekäyvän ruumiin. Frank ja Jesse James, samoin kuin jengi Cole Youngerin tuleva jäsen, kaikki ratsastivat Andersonin kanssa sinä päivänä. 'Centralia verilöyly' oli yksi pahimmista sisällissodan aikana tapahtuneista julmuuksista.
Unionin armeija piti ensisijaisena tavoitteena tappaa Anderson ja vain kuukauden kuluttua Centraliasta he saavuttivat tämän tavoitteen. Vuoden 1865 alkupuolella Quantrill ja hänen sissid olivat muuttaneet Länsi-Kentuckyen ja toukokuussa Robert E.: n jälkeen. Lee oli antautunut, Quantrill ja hänen miehensä olivat väijyneitä. Tämän taistelun aikana Quantrill ampui takaosaan aiheuttaen hänelle halvaantumisen rinnasta alaspäin. Quantrill kuoli seuraavien seurauksena vammoistaan.