Sitruunat ovat erittäin happamia. Mikä tahansa kemikaali, jolla on pH alle 7 pidetään happamana. Sitruunamehun pH on noin 2,0, välillä 2 - 3. Tämän näkökulman mukaan pH on akkuhappo (rikkihappo) on 1,0, kun taas omenan pH on noin 3,0. Etikan (heikko etikkahappo) pH on verrattavissa sitruunamehuun, noin 2,2. Soodan pH on noin 2,5.
Sitruunamehu sisältää kaksi happoa. Mehussa on noin 5-8% sitruunahappoa, mikä on hapokas maku. Sitruunat sisältävät myös askorbiinihappoa, joka tunnetaan myös nimellä C-vitamiini.
Vaikka sitruunat ovat happamia, sitruunamehun juomisella ei todellakaan ole vaikutusta kehon pH-arvoon. Sitruunamehun juominen lisää virtsan happamuutta, koska munuaiset vapauttavat kehon ylimääräisestä happo. Veren pH pidetään välillä 7,35 - 7,45, riippumatta siitä kuinka paljon sitruunamehua juot. Vaikka jotkut ihmiset uskovat sitruunamehun alkaloivan vaikutuksen ruuansulatukseen mineraalipitoisuutensa vuoksi, tämän väitteen tueksi ei ole olemassa tieteellisiä tietoja.
Sitruunamehun happo hyökkää hampaan emaliin. Sitruunoiden syöminen ja sitruunamehun juominen voivat vaarantaa hampaiden rappeutumisen. Sitruunat eivät ole vain happamia, mutta sisältävät myös yllättävän suuren määrän luonnollisia sokereita, joten hammaslääkärit varoittavat potilaita yleensä niiden syömisestä.