Kilpikonnan ruokailutottumukset vaihtelevat, ja mitä he syövät, riippuu käytettävissä olevista ravintolähteistä, elinympäristöstä, jossa kilpikonna asuu ja kilpikonnan käyttäytymisestä. Useimmat aikuiset maakilpikilpikonnat syövät kasveista koostuvaa ruokavaliota. He laiduntavat nurmikolla tai selaavat niiden ulottuvilla olevien pensaiden ja pensaiden lehtiä. Muutamat kilpikonnat syövät myös hedelmiä. Toisinaan jotkut kilpikonnat syövät myös pieniä hyönteisiä, kuten toukkia, jotka takertuvat syömiinsä kasveihin, joten selkärangattomat muodostavat osan myös kilpikonnan ruokavaliosta.
Yksi ryhmä kilpikonnia, jotka ovat tunnettuja kasvinsyöjän ruokintatavoistaan, ovat Galapagosin kilpikonnat. Galapagosin kilpikonnat syövät lehtiä ja ruohoa, ja niiden ruokavalio on niin vaikutusvaltainen, että yli evoluutiovaiheessa niiden kuoret ovat muuttuneet eri tavoin heijastamaan heidän syömistään tottumukset. Galapagosin kilpikonnan alalajeilla, jotka syövät ruohoa, joka sijaitsee lähellä maata, on kuoret, jotka ovat kupolinmuotoisia ja niiden kuoren reuna on tiukasti kaulan yläpuolella. Galapagosin kilpikonnan alalajeilla, jotka syövät lehtiä, jotka ovat maanpinnan yläpuolella pensaissa ja pensaissa, on kuoret, jotka ovat satulan tukema muoto, kuoren reunan ollessa kaareva ylöspäin, jotta ne voivat nostaa kaulaansa korkealla ilmassa tarttua heidän ruokaansa.
Makean veden kilpikonnat, kuten kärkikilpikonnat, ovat väijyneitä saalistajia. Liian vaivalloista uida saaliinsa jälkeen millään suurella nopeudella, napsahtavat kilpikonnat sen sijaan työntää itsensä joukkoon vesikasvien kasvot ja napsauttaa kaikkea, mikä kuuluu heidän polulleen. Tämän seurauksena kilpakilpikonnat syövät kalaa ja äyriäisiä.
Useimmat makean veden kilpikonnat, kun ne ovat nuoria, syövät vedessä elävien selkärangattomien toukkia. Vanhetessaan ruokavalio muuttuu vesikasvillisuudeksi. Merikilpikonnat syövät erilaisia meren selkärangattomia ja kasvillisuutta. Esimerkiksi nahkaiset merikilpikonnat syövät meduusa, metsäkilpikonnat syövät pohjassa eläviä äyriäisiä, vihreät merikilpikonnat syövät meriheinää ja leviä.