TBE-puskuri (Tris-boraatti-EDTA) on puskuriliuos, joka koostuu Tris-emäksestä, boorihaposta ja EDTA: sta (etyleenidiamiinitetraetikkahappo). Tätä puskuria käytetään usein agaroosigeelielektroforeesiin DNA-tuotteiden analysoinnissa, jotka johtuvat PCR-monistuksesta, DNA-puhdistusprotokollista tai DNA-kloonauskokeista.
TBE-käyttö
TBE-puskuri on erityisen käyttökelpoinen pienempien DNA-fragmenttien (MW <1000), kuten esimerkiksi pienten DNA: n tuotteiden erottamiseen restriktioentsyymi pilkkomistuotteet. TBE: llä on suurempi puskurointikapasiteetti ja se antaa terävämmän resoluution kuin TAE-puskuri. TAE (Tris-asetaatti-EDTA) -puskuri on liuos, joka koostuu Tris-emäksestä, etikkahaposta ja EDTA: sta.
TBE on yleensä kalliimpaa kuin TAE ja estää DNA-ligaasia, mikä voi aiheuttaa ongelmia, jos aiotaan myöhemmät DNA: n puhdistus- ja ligointivaiheet. Seuraavien kolmen yksinkertaisen vaiheen avulla opi tekemään TBE-puskuri. Luominen ei saa kestää yli 30 minuuttia.
Mitä tarvitset
TBE-puskurin valmistamiseksi tarvitset vain neljä ainetta. Muut tämän luettelon tuotteet ovat laitteita. Tarvittavat neljä ainetta ovat EDTA-dinatriumsuola, Tris-emäs, boorihappo ja deionisoitu vesi.
Laitteiden suhteen tarvitset tarvittaessa pH-mittarin ja kalibrointistandardit. Lisäksi tarvitset noin 600 millilitran ja 1500 millilitran dekantterilaseja tai pulloja. Laitteiden tarpeiden pyöristäminen on asteikkosylintereitä, sekoituspalkkeja ja sekoituslevyjä.
Tarkista käytetyn laboratorion inventaario varmistaaksesi, että sinulla on kaikki tarvitsemasi ennen aloittamista. Mikään ei ole pahempaa kuin se, että joudut pysähtymään keskellä ratkaisun valmistelua, koska oikeat materiaalit ovat loppuneet.
Jos laboratorio on koulussa tai työmaallasi, tarkista asianmukaiselta henkilökunnalta, että heillä on kaikki tuotteet varastossa. Se voi säästää aikaa ja energiaa lopulta.
Kaavan paino lyhennetään FW. Se on elementin atomipaino kerrottuna kaavan kunkin elementin atomien lukumäärällä ja lisäämällä sitten kunkin elementin kaikki massat yhteen.
EDTA: n kantaratkaisu
EDTA-ratkaisu olisi valmisteltava etukäteen. EDTA ei mene kokonaan liuokseen, ennen kuin pH on asetettu arvoon noin 8,0. 500 millilitran kantaliuosta, joka sisältää 0,5 M EDTA: ta, punnitse 93,05 grammaa EDTA-dinatriumsuolaa (FW = 372,2). Liuota se sitten 400 ml: aan deionisoitua vettä ja säädä pH NaOH: lla (natriumhydroksidi). Sen jälkeen lisää liuos lopulliseen tilavuuteen 500 millilitraa.
TBE-varastoliuos
Tee väkevä (5x) TBE-kantaliuos punnitsemalla 54 grammaa Tris-emästä (FW = 121,14) ja 27,5 grammaa boorihappoa (FW = 61,83) ja liuottaa molemmat noin 900 millilitraan deionisoitua vettä. Lisää sitten 20 millilitraa 0,5 M (molaarisuus tai konsentraatio) EDTA: ta (pH 8,0) ja säädä liuos lopulliseen tilavuuteen 1 litra. Tätä liuosta voidaan säilyttää huoneenlämpötilassa, mutta vanhoihin liuoksiin muodostuu sakkaa. Säilytä puskuri lasipulloissa ja hävitä, jos sakkaa on muodostunut.
TBE: n toimiva ratkaisu
Agaroosigeelielektroforeesissa TBE-puskuria voidaan käyttää pitoisuutena 0,5x (väkevöitetyn massan laimennus 1:10). Laimenna kantaliuos 10-kertaisesti deionisoituun veteen. Lopulliset liuenneen aineen pitoisuudet ovat 45 mM Tris-boraattia ja 1 mM (millimolaarinen) EDTA. Puskuri on nyt käyttövalmis suorittamalla agaroosigeeli.