Fossiilisten ennätysten osalta New York piirsi sauvan lyhyen päädyn: Imperiumin osavaltio on rikas pienistä, merellä asuvista selkärangattomista, jotka ovat jo varhaisessa vaiheessa Paleozojainen aikakausi, satoja miljoonia vuosia sitten, mutta tuottaa virtuaalisen tyhjän, kun se tulee dinosaurukset ja megafaunan nisäkkäät. (Voit syyttää New Yorkin suhteellisesta sedimenttien puuttumisesta vuoden aikana Mesozoic ja Cenozoic Eras.) Silti tämä ei tarkoita, että New Yorkilla ei ollut täysin esihistoriallista elämää, joista joitain merkittäviä esimerkkejä löydät seuraavista dioista. (Katso a luettelo kussakin Yhdysvaltojen osavaltiossa löydetyistä dinosauruksista ja esihistoriallisista eläimistä.)
Hieman yli 400 miljoonaa vuotta sitten Silurian ajanjakson aikana suuri osa Pohjois-Amerikasta, mukaan lukien New Yorkin osavaltio, oli veden alla. New Yorkin virallinen fossiili Eurypterus oli eräs meren selkärangattomien tyyppi, jota kutsuttiin meriskorpionaksi, ja se oli yksi pelätyimmistä vedenalaisista saalistajista ennen
esihistorialliset hait ja jättiläinen merimatelijat. Jotkut Eurypteruksen yksilöt kasvoivat melkein neljän metrin pituisiksi kääntäen alkeelliset kalat ja selkärangattomat, joita he saalistavat.Se ei ole tunnettu tosiasia, mutta erilaisia dinosaurusjalanjäljet on löydetty lähellä Blauveltin kaupunkia, New Yorkin Rockland Countyssa (ei liian kaukana New Yorkista). Nämä kappaleet ovat myöhässä Triaskausi ajanjakson, noin 200 miljoonaa vuotta sitten, ja siihen sisältyy joitakin houkuttelevia todisteita Coelophysis (dinosaurus, joka tunnetaan parhaiten levinneisyydestään kaukaisella New Mexico -alueella). Odotettaessa ratkaisevia todisteita siitä, että nämä jalanjäljet todella leimasivat Coelophysis, paleontologit mieluummin määrittää ne "ichnogenus" nimeltä Grallator.
Vuonna 1866 rakennettaessa tehdasta New Yorkin osavaltioon työntekijät löysivät viiden tonnin jäännökset melkein kokonaan Amerikkalainen Mastodon. "Cohoes Mastodon", kuten se on tullut tunnetuksi, todistaa siitä, että nämä jättiläinen esihistorialliset norsut vaelsi New Yorkin laajentumista ukkailla laumilla, viime aikoina kuin 50 000 vuotta sitten (epäilemättä heidän läheisen nykyajansa rinnalla pleistoseeni aikakausi, Villamammutti).
Kuten monet muutkin itäisen Yhdysvaltojen osavaltiot, New York oli geologisesti ottaen suhteellisen nopea, pleistoseenikauden loppukauteen saakka - jolloin se kulki kaikenlaisten megafaunan nisäkkäät, joka ulottuu Mammuteista ja Mastodoneista (katso edelliset diat) sellaisiin eksoottisiin suvuihin kuin Jättiläinen lyhytkarvainen karhu ja Jättiläinen majava. Valitettavasti suurin osa näistä plus-kokoisista nisäkkäistä sukupuuttoon sukupuuttoon viimeisen jääkauden lopulla, ihmisen saalistuksen ja ilmastonmuutoksen yhdistelmän ansiosta.