Evoluutiokellot ovat geenien sekvenssejä, jotka voivat auttaa määrittämään, milloin lajit poikkesivat yhteisestä esi-isästä. On tiettyjä nukleotidisekvenssien malleja, jotka ovat yleisiä sukulaislajeissa, jotka näyttävät muuttuvan säännöllisin väliajoin. Tietäen, milloin nämä sekvenssit muuttuivat suhteessa Geologinen aika-asteikko voi auttaa määrittämään lajin alkuperän ikä ja ajankohta, jona lajittelu tapahtui.
Linus Pauling ja Emile Zuckerkandl löysivät evoluutiokellot vuonna 1962. Tutkiessaan eri lajien aminohapposekvenssiä hemoglobiinissa. He huomasivat, että hemoglobiinisekvenssissä näytti olevan muutos säännöllisin väliajoin koko fossiilitiedotteen ajan. Tämä johti väitteeseen, että proteiinien evoluutiomuutos oli vakio koko geologisen ajan.
Tätä tietoa käyttämällä tutkijat voivat ennustaa, milloin kaksi lajia erottuivat fylogeneettisessa elämäpuussa. Hemoglobiiniproteiinin nukleotidisekvenssien erojen lukumäärä merkitsee tiettyä aikaa, joka on kulunut siitä, kun kaksi lajia jakautuivat yhteisestä esi-isästään. Näiden erojen tunnistaminen ja ajan laskeminen voi auttaa sijoittamaan organismeja oikeaan kohtaan fylogeneettisessa puussa läheisesti sukua olevien lajien ja yhteisen esi-isän suhteen.
On myös rajoitettu, kuinka paljon tietoa evoluutiokello voi antaa mistä tahansa lajista. Suurimman osan ajasta, se ei voi antaa tarkkaa ikää tai aikaa, jolloin se oli hajotettu fylogeneettisesta puusta. Se voi vain arvioida aikaa suhteessa saman puun muihin lajeihin. Usein evoluutiokello asetetaan fossiilisten aineistojen konkreettisten todisteiden perusteella. Fossiilien radiometristä ajankohtaa voidaan sitten verrata evoluutiokelloon, jotta saadaan hyvä arvio eroajan iästä.
Vaikka nämä tekijät ovat useimmissa tapauksissa rajoittavia, on olemassa tapoja ottaa ne huomioon tilastollisesti aikoja laskettaessa. Jos nämä tekijät tulevat kuitenkin pelaamaan, evoluutiokello ei ole vakio kuten muissa tapauksissa, mutta on muuttuva aikansa.
Evoluutiokellon tutkiminen voi antaa tutkijoille paremman kuvan siitä, milloin ja miksi spekulaatio tapahtui fylogeneettisen elämän puun joissakin osissa. Nämä erot saattavat antaa vihjeitä siitä, milloin historiassa tapahtui merkittäviä tapahtumia, kuten joukkotuhoja.